Indonesia memiliki karakteristik dan ciri khas tersendiri, yang membedakannya dengan budaya di Timur Tengah mapun negara-negara Barat. Karateristik ini tentu yang harus tetap dijaga eksistensi dan perkembangannya. Munculnya terminologi “Islam Nusantara” adalah wujud dari adanya penjagaan dan pengembangan karakteristik tersebut.
Pada dasarnya, Islam Nusantara bukanlah mazhab baru, bukan pula firkah yang ingin memisahkan diri dari kelompok umat Islam yang lain. Tetapi, Islam Nusantara adalah pemahaman dan pengamalan ajaran Islam dengan mempertimbangkan tradisi atau budaya lokal. Dengan demikian, dalam hal-hal di luar substansi, ia mampu mengekspresikan model berislam yang khas Indonesia dan membedakannya dengan mode berislam di Timur Tengah yang cenderung ekstrem maupun di negara-negara Barat yang cenderung sekular.
Jadi, Islam Nusantara adalah khasais (keistimewaan), mumayyizat (tipologi, karekateristik, ciri khas) yang membedakan antara bangsa Indonesia dengan bangsa lain. Konsep ini dirintis oleh organisasi Islam terbesar di Indonesia, yaitu Nahdlatul Ulama (NU) setelah kajian mendalam para ulama, akademisi, dan para tokoh muslim lainnya.
Sebenarnya, secara historis, tipologi Islam Nusantara telah lama terwujud di wilayah Nusantara. Pada dasarnya, konsep Islam Nusantara sudah ada sejak lama. Hal ini dibuktikan dengan adanya berbagai buku yang mengkaji subjek tersebut, di antaranya Islam Nusantara karya M Abdul Karim, Islam Nusantara: Jaringan Global dan Lokal karya Azyumardi Azra, dan banyak lagi.
Menurut KH Said Aqil Siradj, Islam Nusantara sebagai pemikiran yang berlandaskan pada sejarah Islam yang masuk ke Indonesia tidak melalui peperangan, tetapi melalui jalur kompromi terhadap budaya sebagaimana yang telah diajarkan oleh para wali dahulu.
Secara terminologi, pengertian Islam Nusantara sama dengan pengertian Islam pada umumnya, sebagai agama yang dibawa oleh Nabi Muhammad. Sementara, penambahan istilah Nusantara merupakan tarkib idhafi, yaitu islam yang terinternalisasi dalam kehidupan muslim Indonesia dan ajaran Islam yang mampu berdialetika bersama budaya (tradisi) dan peradaban Indonesia (local wisdom).