Sekalipun Pondok Pesantren Annuqayah Daerah Lubangsa berhasil mengusung konsep pesantren berwawasan ekologi —sistem terbaik dalam mengurusi sampah yang kita punya—keresahan dan terdeteksinya dinamika lingkungan di warga sekitar tidak bisa kita mungkiri. Pengembangan eko-pesantren akhir-akhir ini yang terus digaungkan secara terbuka memberi kredit besar terhadap kiprah lembaga pendidikan Islam di Guluk-guluk, Sumenep, itu. Meski tidak terang-terangan, pesantren setidaknya mampu menghadirkan solusi mutakhir ketika dihadapkan pada krisis lingkungan.
Memang, pengembangan pelestarian alam di pesantren ini sudah terjadi sejak tempo lalu. Menurut kabar yang beredar, cikal bakal pesantren berwawasan ekologi di Madura, terutama di Annuqayah, mulai dikenalkan melalui pemberdayaan aneka tumbuhan oleh para masyayikh di sekitar rumah kiai dan simpang jalan pesantren. Bentuk pengenalan ini menciptakan tren keberislaman ekologis.
Pengenalan ini, pada mulanya, tercipta sebagai suatu ramuan ideologi agar bisa tumbuh dan mekar dari rahim pesantren. Keberadaan pesantren tentu tidak melulu mengurusi persoalan keseharian umat, tapi juga turut melindungi alam semesta. Satu fakta menarik, bahwa tanah Guluk-Guluk adalah termasuk wilayah yang subur. M Bisri Efendy, dalam bukunya Annuqayah: Gerak Transformasi Sosial di Madura (1990) menjelaskan bahwa tanah Madura tempo dulu merupakan tanah yang kaya akan air. Tetapi sejak kedatangan para penjajah, yang mengeksploitasi alam, kesuburan tanah kian terancam. Akibatnya wilayah Madura dilanda kekeringan.