Di kalangan para santri lansia ini, Pondok Pesantren Al-Fatah memang dikenal pesantren suluk. Selain menyelenggarakan pendidikan layaknya pesantren salaf dengan pengkajian kitab kuning, sejak berdiri pada 1901 pesantren ini memang rutin menyelenggarakan suluk dari amaln tarekat Naqsabandiyah Kholidiyah. Kini, Pesantren Al-Fatah diasuh oleh generasi keempat.
Pendiri Pondok Pesantren Al Fatah adalah KH Abdul Fatah. Sepulang dari belajar di Mekkah, sahabat dari KH Hasjim Asy’ari ini berniat mengambangkan dakwah Islam Ahlussunnah wal Jamaah melalui jalur pendidikan di masa penjajahan Belanda. Maka, didirikanlah Pondok Pesantren Al-Fatah. Saat itu namanya Balai Pendidikan Al-Fatah.
Pada masa awal pendiriannya, KH Abdul Fatah menitikberatkan pendidikannya pada kajian kitab kuning dengan sistem salaf. Selain itu, pesatrennya juga digunakan untuk mengamalkan dan mengembangkan ajaran tasawuf dari Tarekat Naqsabandiyah Kholidiyah. Di pesantren yang dirintisnya ini pula KH Abdul Fatah menanamkan jiwa nasionalisme kepada para santri untuk mencintai Tanah Air ketimbang bersekutu dengan penjajah.
KH Abdul Fatah wafat pada 1941. Saat itu, situasi serba sulit karena Indonesia sedang dalam cengkeraman penjajah. Apalagi, kedua putra KH Abdul Fatah, yaitu Hasan Fatah dan Ridlo Fatah, sedang menjadi tentara Barisan Hisbullah untuk berjuang melawan penjajah. Karena itu, sepeninggal KH Abdul Fatah, kegiatan di Pesantren Al Fatah mengalami kemunduran.