Melalui Yayasan Pant Asuhan Ytaim Piatu Al-Haniifiyah, Kiai Syamsuddin mengajak masyarakat dan mengetuk hati para dermawan untuk bersama-sama membangun pondok pesantren. Dari situlah akhirnya berdiri Pondok Pesantren Al Haniifiyah, yang mampu menampung ratusan santri yang bermukim hingga kini.
Kini, Pondok Pesantren Al Haniifiyah yang semula hanya tempat ngaji anak-anak kampung telah berkembang pesat setelah mengkombinasikan sistem pendidikan pesantren salaf dan pendidikan modern. Di lingkungan Pesantren Al Haniifiyah ini, untuk sistem pendidikan tradisional, dibagi ke dalam tingkatan, yaitu tingkat pertama yang disebut Pendidikan Al-Adna dan tingkat menengah Al-Wustha serta tingkat tertinggi Al-Ulya’.
Sementara itu, untuk pendidikan dengan sistem modern, ada Taman Kanak-kanak Islam (TKI) Al-Haniifiyah, Madrasah Diniyyah Awaliyah (MDA) Al-Haniifiyah, Madrasah Tsanawiyyah (MTs), dan Madrasah Aliyah (MA).
Selain pendidikan formal dan nonformal, di Pondok Pesantren Al Hanifiyyah juga memiliki kegiatan-kegiatan khusus, mulai dari kegiatan harian, mingguan, bulanan, sampai kegiatan tahunan. Di antaranya mulai pengajian kitab kuning (kutubut turos), muhadhoroh santri, kegiatan bulanan berupa muhadhoroh gabungan antara putra dan putri, sampai camping dakwah.