Perubahan ini harus direspons dengan baik untuk menjaga harkat martabbat manusia dan perjumapaan antar-umat manusia yang lebih harmonis. Para pemikir muslim juga harus menggunakan epistimologi pengetahuan modern (pemikir orientalis) untuk membangun pemikiran Islam yang lebih zamkany, seseuai dengan tuntutan zaman dan kesetempatan.
Zaman menuntut tidak lagi menggunakan model linearitas disiplin ilmu dalam memahami studi Islam, melainkan menggunakan model integrasi-interkoneksi dengan dipadukan dengan cara pikir metode sains modern, social science, dan humanities atau dengan kata lain mendialogkan dan mempertautkan antara paradigma ulum al-diin, al-fikr al-islamy, dan dirasat Islamiyah (hal. 1-27).
Cara mempertautkan ulum al-diin, al-fikr al-islamy, dan dirasat Islamiyah itu kemudian dielaborasi ke dalam bagian kedua. Di sini ditegaskan bahwa ulum al diin merupakan studi agama yang berbasis pada teks atau nash keagamaan (bahasa). Pemahaman ulum al diin harus dilakukan dengan melibatkan pergumulan humanitas pemikiran keislaman berbasis rasio atau intelek disebut al-fikr al-islamy. Sedangkan, dirasat islamiyah ialah kluster keilmuan baru yang berbasis pada kritik dan komparasi dengan disiplin ilmu lain atau memahami ulum al-diin dan al-fikr al-islamy dengan kritis dan komparatif. Meskipun, ada sebuah kecurigaan bagi kalangan ilum al-diin dan al-fikr al-islamy terhadap munculnya sebuah klaster baru, yaitu dirasat islamiyah dengan alasan bahwa ketiganya ialah memiliki tatanan sendiri-sendiri alias tidak bisa dipadukan.
Akan tetapi, pada kenyataannya, saat ini perpaduan terhadap ketiganya sangat diperlukan untuk menjawab tantangan zaman yang begitu kompleks. Langkah yang diperlukan ialah tidak saling menaruh curiga satu sama lain dan harus menjelaskan pola keterhubungan antara ketiganya dengan sudut pandang, metode, pendekatan, dan pengambilan serta pengumpulan data harus seimbang (hal 29-114).
Bagian ketiga buku 368 halaman ini membahas perihal multidisiplin, interdisiplin, dan transdisiplin sebagai metode riset dan pembelajaran agama di era kontemporer. Di sini Amin Abdullah menjelaskan tentang berakhirnya pembelajaran monodisiplin atau linearitas dalam memahami studi agama sebagaimana yang diungkapkan di bagian sebelumnya; ketiganya harus dipahami dengan secara bersama-sama, yaitu dengan model multi, inter, dan transdisipilin yang merupakan metode riset dan pembelajaran agama di era kontemporer.
Bab ini merupakan salah satu inti dari gagasan yang disampaikan oleh Amin Abdullah. Cara untuk mendialogkannya (agama, sains, dan filsafat) ialah dengan semipermeable (saling menembus), keterujian intersubjektif, dan imaginasi kreatif. Model riset ataupun pembelajaran studi agama di era kontemporer ini akan menghasilkan sebuah pemahaman yang komprehensif sehingga menghasilkan solusi lebih jitu dengan catatan semua pihak harus saling duduk bersama dalam membahas suatu persoalan (hal.115-158).