Ada beberapa syarat yang harus dipenuhi oleh pesantren untuk bisa menjalankan program ini. Paling tidak, pengurus pesantren harus mau dan mampu menerapkan salah satu atau lebih dari lima indikator Pesantren Hijau, yaitu 1) menyediakan media kampanye ramah lingkungan, 2) pengelolaan sampah berbasis Bank Sampah Nusantara (BSN), komposting dan 3R, 3) pengelolaan sampah plastik melalui Ecobrick, 4) ruang terbuka hijau untuk kebun organik, dan 5) pengelolaan limbah air pesantren.
Adapun, pelaksanakan Program Pesantren Hijau selalu diawali dengan workshop. Materi-materi workshop yang dilaksanakan dua hari ini memang diarahkan untuk meningkatkan kapasitas stakeholder pesantren dalam mewujudkan kelima indikator tersebut. Hari pertama, misalnya, workshop dilaksanakan di dalam ruangan dengan materi pengetahuan terkait global warming yang disampaikan dengan metode bedah film. Ada juga materi lain, seperti assessment dan pengelolaan sampah berbasis pesantren yang disampaikan dengan menggunakan metode presentasi dan tanya jawab.
Pada hari kedua, biasanya seluruh peserta workshop yang terdiri dari santri dan ustadz/ah pendamping mendapatkan pengetahuan dengan praktik langsung di luar kelas bersama para ahli. Peserta dibagi menjadi tiga kelompok, masing-masing kelompok mengikuti praktik kebun organik, komposting & biopori, serta kreatifitas recycle. Setelah workshop, dilanjutkan dengan diskusi pembentukan Jaringan Pesantren Hijau.
Ketua Yayasan Pesantren Al-Manar Azhari Depok Maky Manar, seperti dikutp dari kalderanews, menyambut baik Program Pesantren Hijau ini dan berharap dapat mengubah pola hidup santri yang lebih ramah lingkungan.