Sejarah mencatat bahwa pesantren, dengan model dan sikapnya yang demokratis-egaliter, menjadikannya sebagai lembaga yang banyak diminati oleh masyarakat. Bahkan, di masa awal berdirinya pesantren, masyarakat secara sukarela dan berbondong-bondong mendatanginya guna untuk memeluk agama Islam.
Sebagai orang yang dilahirkan dari rahim pesantren dan keluarga yang taat beragama, yang termasuk cucu dari pendiri Nahdlatul Ulama (NU), KH Hasyim Asy’ari dan putra dari Menteri Agama Pertama pada masa pemerintahan Orde Lama (Soekarno), KH Wahid Hasyim, adalah laku hidupnya yang acapkali mencerminkan sosok seorang santri tulen atau agamawan sejati. Walaupun ia berada dalam situasi dan kondisi yang berbeda.
Ini artinya, tempaan pendidikan keluarga dan lingkungan pesantren (tempat Gus Dur dibesarkan) serta model pendidikan pesantren yang demokratis-egaliter itu, mengantarkan Gus Dur menjadi sosok yang memiliki pemahaman keagamaan yang kuat, selain memiliki kepribadian luhur. Dengan bermodalkan pengetahuan keagamaan yang mendalam, terutama pemahaman akan Islam sebagai Rahmat bagi seluruh alam semesta (rahmatan lil alamin) menjadikan Gus Dur sosok yang memiliki sikap toleransi kuat, dan bahkan beliau telah menerapkan dan mengamalkannya dalam kehidupan nyata.
Kedekatannya dengan umat dan para pemuka agama, baik Islam maupun non-muslim adalah salah satu wujud konkret Gus Dur. Juga keberpihakannya terhadap kelompok minoritas, termarginalkan, rasa toleransi dan penghormatannya terhadap agama dan keyakinan yang berbeda dengan Gus Dur. Kesemuanya ini menunjukkan bahwa betapa percaya dirinya Gus Dur akan ajaran agama yang diyakininya. Ini juga sebagai bukti konkret bahwa dirinya sebagai sosok seorang tokoh humanis sejati. Maka tidak mengherankan, apabila Gus Dur banyak dihormati dan disegani oleh banyak orang. Bukan hanya umat Islam, melainkan juga non-muslim.
Kedua, Gus Dur seorang negarawan sejati. Walaupun masa pemerintahan Gus Dur tak bertahan lama, tetapi ia telah banyak menorehkan prestasi yang gemilang dengan melakukan terobosan-terobosan dalam tatanan kehidupan berbangsa dan bernegara di negeri ini. Demokrasi dan kesetaraan (egalitarian), terutama dalam bidang hak-hak sosial dan politik warga negara, adalah prioritas utama. Sehingga, sekat-sekat diskriminasi dan kebebasan yang sudah lama mati Gus Dur buka kembali.
Tentu saja, ini menjadi angin segar bagi kelompok minoritas yang pada awalnya dimarginalkan. Namun setelah Gus Dur menjabat presiden, mereka memiliki kesempatan untuk turut serta memutuskan jalannya kehidupan berbangsa dan bernegara. Ini merupakan langkah yang tepat bagi seorang Gus Dur guna menghindarkan gerakan separatisme yang mulai bermunculan kala itu. Juga, kebebasan berekspresi, berpendapat, dan berkebudayaan beliau beri ruang untuk tumbuh dan berkembang sesuai dengan keberagaman bangsa Indonesia.
Bagi Gus Dur, kebebasan dan kemerdekaan adalah hak bagi setiap warga negara. Negara wajib melindunginya sesuai dengan konstitusi. Perlindungan terhadap hak-hak kelompok minoritas dan ter-marginalkan wajib dilakukan dikarenakan termasuk dari amanat Undang-Undang Dasar. Artinya, keberagaman atau pluralitas yang dimiliki bangsa Indonesia adalah suatu keniscayaan yang wajib diakui dan dijaga sebagai bentuk komitmen bersama dalam kehidupan berbangsa dan bernegara.
Perundang-undangan yang dianggap tak sesuai dengan Undang-undang Dasar 1945 dan Pancasila, oleh Gus Dur dihapus. Bahkan, pada masa pemerintahannya, Gus Dur pernah bersitegang atau bertentangan dengan MPR dan DPR dengan dikeluarkannya dekrit pembubaran akan lembaga tersebut. Pertentangan ini mencapai klimaks dengan pemakzulan Gus Dur dari jabatannya sebagai Presiden. Sebagai konsekuensi logis atas kebijakannya, Gus Dur dengan jiwa besar menerima pelengseran tersebut.
Walaupun berakhirnya Gus Dur sebagai pemimpin negeri ini secara tidak terhormat, tetapi masih banyak rakyat yang mencintainya. Hal ini dikarenakan model dan cara Gus Dur memimpin begitu dekat dan bermuara pada kepentingan rakyat bahkan kepentingan rakyat di atas segala-galanya. Dalam kepemimpinannya, Gus Dur berpedoman pada kaidah tasharuf al-Imam ala ar-ra’iyyah manutun bi al-maslah (kebijakan dan tindakan seorang pemimpin atas rakyatnya harus mempertimbangkan kesejahteraan mereka). Tipologi inilah yang membuat Gus Dur selalu melekat dalam hati sebagian besar masyarakatnya bahkan hingga berpulangnya ke sisi Allah swt.