Semasa hidup, KH Misbakhul Huda dikenal sebagai sosok yang sangat aktif berkiprah di organisasi-organisasi di lingkungan Nahdlatul Ulama (NU). Pada periode 2005 sampai 2015, misalnya, KH Misbakhul Huda pernah menjabat Ketua PAC GP Ansor Subah selama dua periode.
Selama aktif berorganisasi, KH Misbakhul Huda yang merupakan alumnus Pesantren Futuhiyyah Mranggen, Demak dan Pesantren Nurul Ummah Prenggan Kota Gedhe ini juga menjadi sebuah pesantren di Kemiri Barat yang memiliki ribuan santri. Waktunya seakan dihabiskan untuk mengurusi organisasi dan ribuan santrinya.
