Namun, jodoh kemudian mempertemukan KH Muhammad Muhajirin dengan seorang gadis yang sesungguhnya pernah ia lihat ketika masih di Mekkah. Sosok gadis tersebut bernama Hannah, putrid dari KH Abdurrahman bin Mu’allim Shodri, yang merupakan salah satu dari guru seorang ulama besar sekaligus pahlawan nasional, almarhum KH Noer Alie Lc (pendiri dari Pondok Pesantren At Taqwa).
Pasca pernikahan, KH Muhammad Muhajirin pun tinggal di kediaman mertuanya. Ayah Hannah merupakan salah satu pendiri Pesantren Bahagia, sehingga KH Muhammad Muhajirin diminta untuk membantu proses pembelajaran di Pondok Pesantren Bahagia. Proses pengabdian di Pesantren Bahagia pun terus berlanjut higga wafatnya sang mertua pada 1960. Berlatar banyak persoalan, Kiai Muhammad Muhajirin merintis pondok pesantren baru, yang kemudian dikenal dengan Pondok Pesantren Annida Al Islamy berlokasi di Jalan IR H Juanda, Margahayu, Bekasi Timur, Jawa Barat. Sampai sekarang, pondok yang dirintisnya masih berdiri gagah dengan ratusan santriwan maupun santriwati di dalamnya.
Salah satu warisan KH Muhammad Muhajirin untuk umat Islam Indonesia yang hingga saat masih diamalkan adalah karyanya dalam ilmu falak. Ia sudah meristis ru’yatul hilal di Cakung sejak 1936. Mulai 1947, sejak ditinggal ke Mekkah, pelaksanaan ru’yah diteruskan oleh murid-muridnya yang tidak lain merupakan adik-adik sepupu, yaitu KH Abdul Hamid, KH Abdul Halim, KH Abdullah Azhari, KH Abdul Salam. Pedomannya adalah kitabnya sendiri, Misbah Al Zhulam Syarah Bulugh Al Maram.
Pada 1991, ulama-uala dari Malaysia pun berkunjung ke Indonesia untuk memperoleh penjelasan tentang pelaksanaan ru’yah hilal di Indonesia yang dirintis KH Muhammad Muhajirin. Dan sampai saat ini pun, pelaksanaan ru’yah hilal masih terus berlanjut sesuai dengan pedoman serta petunjuk yang telah diajarkan Kiai Muhammad Muhadjirin atau Mat Jirin itu.