Saat menjadi Presiden RI, Gus Dur mencabut larangan atas kebudayaan Tionghoa melalui Keputusan Presiden Nomor 6 Tahun 2000. Ia mengembalikan hak-hak masyarakat Tionghoa untuk merayakan Imlek dan mempraktikkan tradisi leluhur mereka. Ini menjadi simbol keberpihakannya pada minoritas etnis yang selama puluhan tahun mengalami diskriminasi.
Tidak hanya itu, Gus Dur juga melindungi kelompok agama minoritas seperti Ahmadiyah dan Syiah. Baginya, negara harus hadir untuk memastikan bahwa semua warga negara, tanpa memandang keyakinan, mendapatkan perlindungan yang sama. Sikap ini sering membuatnya menjadi sasaran kritik, tetapi beliau tidak pernah mundur dari prinsip-prinsip kemanusiaannya.
Selain minoritas agama dan etnis, Gus Dur juga membela kaum mustad’afin —mereka yang lemah secara ekonomi dan sosial. Ia mendukung perjuangan petani Kendeng melawan pembangunan yang merusak lingkungan dan konsisten membela hak buruh untuk mendapatkan keadilan.
Pemikiran dan Tulisan Gus Dur
Pemikiran Gus Dur banyak dituangkan dalam tulisan-tulisannya, seperti dalam buku Prisma Pemikiran Gus Dur (1999). Beliau menekankan pentingnya kebebasan individu dan pluralisme, serta menghubungkan nilai-nilai Islam dengan prinsip demokrasi. Dalam pandangannya, toleransi adalah kewajiban spiritual yang berakar pada ajaran Islam, khususnya dalam konsep rahmatan lil ‘alamin.
Greg Barton, dalam The Authorized Biography of Abdurrahman Wahid (2002), menyebut Gus Dur sebagai intelektual yang mampu menjembatani tradisi lokal dan gagasan modern. Dengan pemahaman mendalam tentang budaya pesantren dan filsafat Barat, Gus Dur melihat pluralisme sebagai jalan untuk memperkuat keadilan sosial dan harmoni antar umat beragama.