Gedung Bapendan ini digunakan sebagai gedung serba guna, termasuk sebagai tempat mujahadah malam kamisan. Mujahadah malam kamisan ini pertama kali diinisiasi oleh KH Abdul Khalik Syifa, putra dari KH M Syifa, pada tahun 1998. Awalnya, jamaah mujahadah hanya beberapa orang. Semakin lama jamaahnya selalu bertambah, bahkan sepuluh tahun terakhir jamaahnya berdatangan dari berbagai daerah, ada yang dari Temanggung, Magelang, Ngawi, Puwordjo, dan Kulonprogo.
Jamaah yang hadirpun mencapai hampir seribu orang, karena setiap orang yang datang selalu membawa pasukan banyak, sampai-sampai parkiran penuh dengan kendaraan roda empat dan roda dua. Ada juga yang menggunakan kerta mini. Jamaah yang hadirpun sangat antusias sekali untuk mengikuti mujahadah. Biasanya para jamaah selalu membawa bekal air botol mineral dengan maksud agar air itu mendapatkan berkah khasiat dari zikir dan doa-doa yang dilakukan selama mujahadah.
Acara mujahadah dimulai habis salat Isya mungkin sekitar jam delapan malam. Mujahadah ini dipimpin oleh KH Abdul Khalik Syifa yang merupakan Syuriyah PCNU dan ketua MUI Bantul. Mujahadah ini berupa amaliyah zikir dan doa. Setelah itu akan ditutup dengan kajian kitab Mukhtarul Al Hadis.
Inilah bentuk mujahadah untuk mengetuk pintu langit, yaitu dengan memperbanyak mengingat Allah, dengan berzikir dan berdoa, dengan harapan segala macam hajat dan masalah hidup bisa terpecahkan dengan mendekatkan diri pada Allah. Tak jarang hajat dari para jamaah ini pada akhirnya terkabulkan.
Sebetulnya bentuk-bentuk mujahadah itu banyak sekali dan bermacam-macam cara. Pada intinya agar kita bisa selalu mendekatkan diri pada Allah serta menjauhi segala macam kemaksiatan, sebab kemaksiatan yang menjadi penghambat terbukanya pintu langit untuk membawa doa-doa kita.