Kesalahpahaman sebagian orang tentang Islam Nusantara tidak berdasar. Jika ada yang berkata Islam Nusantara ingin mengubah wahyu, maka itu tidak benar. Sebab, umat Islam sekarang tak hidup di zaman wahyu. Pasca era pewahyuan, tugas umat Islam adalah bagaimana menafsirkan dan mengimplementasikan wahyu tersebut dalam konteks masyarakat yang terus berubah. Dalam kaitan itu, bukan hanya pluralitas penafsiran yang merupakan keniscayaan. Keragaman ekpresi pengamalan Islam pun tak terhindarkan. Itu bukan sebuah kesalahan, asal tetap dilakukan dengan menggunakan metodologi yang bisa dipertanggungjawabkan.
Di tengah kecenderungan sebagian umat Islam untuk mendakwahkan Islam dengan jalan kekerasan, maka jalan damai Islam yang fondasinya telah diletakkan para ulama Nusantara bisa dijadikan solusi untuk menyelesaikan konflik dan ketegangan. Harapannya, melalui jalan damai ini kemajuan di berbagai aspek kehidupan bisa dicapai. Bukankah dalam suasana damai, umat Islam bisa bekerja lebih produktif dengan mengembangkan ilmu pengetahuan, memperbaiki perekonomian umat, dan lainnya. Sebaliknya, dalam situasi kekerasan yang tak berkesudahan, energi umat Islam akan terkuras untuk pekerjaan yang tak banyak gunanya bagi kepentingan izzul Islam wal muslimin, izzu Nusantara wa nusantariyyin, izzu Indonesia wa indunisiyyin.
Metodologi Islam Nusantara
Ide Islam Nusantara datang bukan untuk mengubah doktrin Islam. Ia hanya ingin membentuk tafsiran ajaran yang sesuai dengan ajaran universal Islam dan mencari cara bagaimana melabuhkan Islam dalam konteks budaya masyarakat yang beragam. Upaya akademik pertama itu dalam ilmu ushul fikih disebut takhrij al-manath, sedangkan upaya kedua disebut tahqiq al-manath.
Penjelasan sederhananya demikian. Pertama, takhrij al-manath sebagai kerja intelektual untuk membuat tafsir Islam yang relevan dengan konteks zaman. Salah satu hasil akademik dari kerja takhrij al-manath ini adalah dirumuskannya Pancasila sebagai dasar negara Republik Indonesia. Penetapan Pancasila sebagai dasar negara dicapai berdasarkan konsensus di kalangan para pendiri bangsa setelah sebelumnya terjadi perdebatan panjang di antara mereka. Nurcholish Madjid dengan meminjam bahasa Al-Quran menyebut Pancasila sebagai kalimah sawa yang merekatkan seluruh warga negara.