Meskipun sejarah kurang memberi tempat akan peran santri dan kiai dalam sejarah perjuangan kemerdekaan, tetapi di hati para santri bukan suatu masalah besar tidak dicatat oleh sebagian sejarawan bahwa santri mempunyai peran penting dan garda terdepan ketika sedang membela dan menjadikan Indonesia sebagai negara yang merdeka.
Selanjutnya, melalui NU, para kiai juga terus mengajarkan kepada umat bagaimana cara menghargai kaum beragama yang berkeyakinan berbeda. Tali persaudaraan yang diajarkan oleh NU kepada kita untuk kemaslahatan yang ada di negara ini merupakan ajaran yang sangat mulia dan sangat bermakna. Tidak ada unsur provokasi atau propaganda terhadap negara atau kepada agama lain demi utuhnya NKRI.
Di sisi lain, cara pendidikan mental, moral, dan kepribadian yang dibentuk NU melalui pondok pesantren bertujuan untuk membuka pikiran masyarakat bahwa bahwa agama merupakan hal yang prioritas, bukan hanya sekadar formalitas. Ajaran-ajaran mengenai pentingnya menjaga keutuhan dan kemasalahan bangsa dapat kita rasakan pada masa sekarang. Seluruh umat beragama dapat menjalankan ibadah masing-masing, dan tidak ada gangguan sama sekali dari pihak lain. Umat Islam dapat menjalankan ibadahnya dengan baik. Begitu juga umat Kristen menjalankan ibadahnya dengan tenang. Umat Hindu, Buddha, dan umat agama lainnya menjalankan ibadah dengan tenang karena adanya rasa toleransi yang tinggi.