Setelah memperoleh saran dari KH Muhammad Bin Sofwan tersebut, anggota Jami’iyah Walidul Banin Walbanat bermusyawarah untuk mempersiapkan langkah-langkah mendirikan pesantren khusus anak-anak. Saat itu, Jami’iyah Walidul Banin Walbanat mengirimkan 16 orang ke Pesantren Manba’ul Hisan Gresik. Tujuannya untuk dididik dan dikader guna mempelajari cara memdidik dan beradaptasi dengan anak-anak.
Setelah masa persiapan selesai, Jami’iyah Walidul Banin Walbanat kembali mengadakan musyawarah. Kali ini musyawarah melibatkan para kiai sepuh sewilayah III Cirebon, bertempat di Musala Ash-Shiddiq Kaliwadas, Weru, Cirebon. Rupanya, dalam musyawarah seluruh anggota Jami’iyah Walidul Banin Walbanat sepakat sudah saatnya untuk mendirikan pesantren sendiri. Pesantren khusus anak-anak, terutama untuk anak-anak yatim.
Dalam musyawarah tersebut, yang ditunjuk untuk menjadi pengasuh dan penanggung jawab pesantren yang bakal didirikan ini adalah KH Nasiruddin Siddiq, yang ketika itu masih menjabat sebagai Kepala Desa Kaliwadas. KH Nasiruddin Siddiq tak bisa menolaknya, karena para ulama yang ikut musyawarah mendukungnya.
Setelah itu, untuk pendirian pesantren, KH Abdul Hadi dan Ny Hj Masrifah, yang tak lain adalah kakak kandung KH Nasiruddin Siddiq, menyerahkan tanah untuk diwakafkan sebagai tempat didirikannya pesantren. Pesantren itu akhirnya berdiri dengan sokongan dari seluruh masyarakat setempat. Pesantren yang baru berdiri pada 1989 itu akhirnya diberi nama Pondok Pesantren Tarbiyatul Banin, nama yang diusulkan oleh KH Ahmad Muzani Noor yang saat itu menjadi anggota DPRD Provinsi Jawa Barat.
Sesuai nama dan tujuannya, pesantren ini pada awalnya memang dikhususkan untuk anak-anak usia Sekolah Dasar (SD), terutama untuk anak-anak yatim piatu. Pada tahun pertama, tercatat ada 15 anak yang belajar di sini. Model pendidikannya pun mengadopsi apa yang dipelajari dari Pesantren Manbaul Hisan Sidayu, Gresik, yaitu menekankan pada penguasaan baca-tulis Al-Quran. Selain itu, anak-anak santri ini juga diberi pilihan pendidikan lanjutan berupa penghafalan Al-Quran (Tahfudzul Quran) atau pendalaman dan pengkajian kitab-kitab klasik (Ta’limul Kutub).
Rupanya pesantren ini mengalami perkembangan pesat. Pada awal 1990-an semakin banyak anak-anak usia SD yang dipondokkan di sini. Maka, sebagai penunjang dan penyeimbang proses pembelajaran, dibuka juga Madrasah Diniyah Miftahul Mubtadi’in untuk santri usia SD dan Madrasah Diniyah Ash-Shiddiqiyah untuk santri usia Mts/MA. Tak hanya itu, di pesantren ini dilengkapi juga dengan program bahasa Arab dan bahasa Inggris. Bahkan pada 1998, MA Ash-Shiddiqiyah mendapatkan persamaan (Mu’adalah) dari Al-Azhar l-Syarif Islamic Research Academy Cairo, Mesir.