Mulanya, pada 2001 KH Asep Saifuddin mendirikan lembaga pendidikan berupa MTs Unggulan. Siswanya 28 orang, terdiri dari 15 putra dan 13 putri. Selanjutnya, dibuka MA Unggulan. Saat ini, di lingkungan Pondok Pesantren Amanatul Ummah sudah terdapat beragam pendidikan formal yang semuanya unggulan, seperti MTS unggulan, SMP unggulan, MTS akselerasi, SMP unggulan berbasis pesantren, MA unggulan, MA akselerasi, SMA unggulan, dan SMA unggulan berbasis pesantren. Bahkan, ada juga Madrasah Bertaraf Internasional.
