Tak hanya itu, selang beberapa abad setelahnya, tepat pada 11 Januari 1942, Jepang datang dengan membawa misi tertentu. Belum lagi keberadaan PKI yang banyak melukai hati santri dan pesantren dengan segala perbuatan yang dilakukan. Sederet kejadian masa lalu membuat jiwa santri terpanggil untuk tetap berada di garis depan mempertahankan Indonesia dari segala serangan luar yang mengancam keutuhan NKRI sebagai negara berdaulat.
Berkaitan dengan istilah santri, Mustaqim dalam Jurnal Politik Kebangsaan Kaum Santri; Studi atas Kiprah Politik NU, mengurai, santri tidak hanya dipahami sebagai orang mencari ilmu di pesantren, tetapi santri mempunyai makna kontekstual yang sangat dinamis dengan situasi zaman.
Salah satunya adalah umat Islam yang memiliki pemahaman yang kuat. Tak hanya itu, karakter santri memiliki ketaatan yang sangat kuat terhadap seorang kiai. Ketaatan ini sebagai wujud sikap beragama di mana kiai akan dipandang sebagai orang yang memiliki banyak ilmu agama dan pemahaman kitab suci secara baik. Bahkan, tidak jarang, perintah kiai akan menjadi “kalam suci” untuk dilaksanakan tanpa tawar-menawar maupun negosiasi. Lebih-lebih perintah kiai tentang jihad untuk membela bangsa dan negaranya seperti apa yang dicerminkan Hadratussyaikh KH Muhammad Hasyim Asy’ariy kepada santri Nusantara yang dalam sejarah Indoneisa terkenal jargon Hubbul Waton Minal Iman sebagai cambuk semangat lahir batin.
Tak sampai di situ saja, eksistensi santri dalam pertautan politik kebangsaan sangat besar jasanya. Di antaranya adalah bagaimana seorang santri membicarakan dengan serius status negara Indonesia yang saat itu menjadi perdebatan. Hingga akhirnya pada muktamar XI 1938 di Banjarmasin, santri dengan wadah organisasi NU memutuskan bahwa negara dan tanah air wajib dijaga. Saat muktamar juga diputuskan bahwa sesungguhnya negara Indonesia merupakan negara Islam, Darr Al Islam.
Sungguh pun demikian, peran santri tak hanya selesai begitu saja. Munculnya resolusi jihad di Tanah Air menjadi bukti nyata bagaimana santri dengan segala atribut sarungnya berkomitmen untuk merebut, mempertahankan, dan mengisi kemerdekaan dengan darah dan nyawa akan dipertaruhkan sedemikian rupa.