Tanwirul Hija semakin berkembang, dan pondok pesantren ini terus mencoba memenuhi kebutuhan masyarakat akan pendidikan. Karena itu, selain ngaji kitab dengan sistem tradional, sorogan dan atau bandongan, pesantren ini mulai mengadopsi sistem kelas. Pada 1961, misalnya, didirikanlah pendidikan keagamaan berupa Madrasah Diniyah dan Muallimin. Dan setahun kemudian didirikan juga lembaga pendidikan formal berupa Madrasah Ibtidaiyah (MI). Orang pertama yang menjadi kepala MI adalah KH Zaidi Hasan yang berasal dari Desa Poreh dan merupakan santri Pesantren Tanwirul Hija sendiri.
Di bawah kepemimpinan KH Khotib bin Abdurrahem, yang juga dikenal sebagai Kiai Anom, pondok pesantren kian mengalami kemajuan yang pesat. Berkat kegigihannya, Madrasah Ibtidaiyah itu terus berjalan sampai sekarang.
Tanwirul Hija memasuki masa sulit ketika pada 1977 KH Khotib bin Abdurrahem wafat. Memang, sebelum wafat, KH Khotib masih sempat mengumpulkan dewan guru dan tokoh masyarakat untuk memilih dan menunjuk penggantinya. Dalam musyawarah tersebut, KH Asy’ari bin Mustafa dipercaya sebagai pengganti Kiai Khotib dengan dibantu KH Imam Mawardi bin H Muhtar sebagai wakilnya. Keduanya adalah menantu dari keponakan istrinya.
Namun, meskipun begitu, setelah wafatnya KH Khotib bin Abdurrahem, satu per satu santri pamit pulang untuk meneruskan jejak-jejak perjuangan menyiarkan agama Islam di daerahnya masing-masing. Karena itu, saat itu nyaris tak ada lagi di pondok.
Namun hal tersebut tidak mematahkan semangat para penerus yang telah ditunjuk. KHAsy’ari dan KH Imam Mawardi terus berjuang mengembangkan Pesantren Tanwirul Hija, apalagi dengan adanya MI yang saat itu sudah maju pesat. Jumlah santri/siswa MI tergolong lumayan banyak meski bukan santri mukim seperti sebelumnya. Bahkan, pada 1980 didirikan Raudlatul Athfal (RA) untuk pendidikan formal anak-anak di bawah umur.
Seiring perjalanan waktu, untuk mengkukuhkan keberadaan Pesantren Tanwirul Hija, pada 1989 dibentuklah Yayasan Tanwirul Hija. Setelah ada yayasan, pada 1990 didirikan pula lembaga pendidikan formal dengan jenjang yang lebih tinggi, Madrasah Tsanawiyah (MTs) Tanwirul Hija.