Al-Razi pernah berdebat dengan kalangan Mu’tazilah tentang perbuatan manusia. Ia berargumen, “Jika ketaatan sesuai dengan Kehendak Allah, apakah yang melakukan menginginkannya? Jika dia tidak menginginkannya, maka ketaatan bukan sesuai kehendak, karena ini bisa bermakna bahwa kadang-kadang Allah memerintahkan sesuatu yang tidak sesuai kehendak. (Lebih lanjut lihat, Fakhruddin Al-Razi. Vol. 10. hlm. 127-128).
Sehingga, al-Razi menulis, “Keberadaan penderitaan dan kejahatan di dunia tidak selalu dapat dianggap sebagai manifestasi keadilan Tuhan. Kita harus mempertimbangkan bahwa ada aspek-aspek dari keadilan yang mungkin tidak sepenuhnya kita pahami.” (Al-Razi, Al-Tafsir al-Kabir, Jilid 2, hal. 456).
Pernyataan ini memicu kontroversi karena ia menantang pandangan umum bahwa keadilan Tuhan meliputi segala sesuatu yang terjadi, termasuk penderitaan manusia. Ini menunjukkan pendekatan al-Razi yang rasional dan kritis terhadap masalah teologis.
Al-Razi juga dikenal dengan sikap kritisnya terhadap beberapa riwayat hadis. Dalam Al-Mahsul, ia menyatakan, “Hadis-hadis yang tidak memiliki sanad yang kuat atau dianggap lemah tidak bisa dijadikan dasar hukum tanpa analisis mendalam. Kita harus berhati-hati dalam menerima hadis yang tidak memenuhi standar autentisitas.” (Al-Razi, Al-Mahsul, Jilid 3, hal. 89).
Pandangannya ini juga tidak kalah kontroversinya di kalangan banyak ulama yang sangat menghargai hadis sebagai sumber utama ajaran Islam. Kritiknya terhadap hadis yang dianggap lemah sering kali dipandang sebagai tantangan terhadap metode tradisional dalam menetapkan hukum Islam.
Al-Razi juga terkenal dengan penafsirannya yang sering kali berbeda dari pandangan mainstream. Dalam tafsirnya, ia menggunakan pendekatan rasional dan filosofis untuk menafsirkan ayat-ayat Al-Qur’an.
Misalnya, mengenai ayat Qul huwallahu ahad (Surah Al-Ikhlas), ia berkomentar, “Ayat ini tidak hanya menyatakan keesaan Tuhan secara literal, tetapi juga mencerminkan konsep filosofis tentang keesaan yang tidak terpisahkan. Penafsiran ini harus mempertimbangkan konteks rasional dan metafisik dari keesaan Tuhan.” (Al-Razi, Al-Tafsir al-Kabir, Jilid 8, hal. 321).