Ia dikaruniai empat orang anak, yaitu dua putra dan dua putri. Kedua putranya bernama As’ad dan Sa’id. Sementara nama kedua putrinya belum ditemukan informasi yang jelas. Diterangkan bahwa salah seorang putri Syekh Junaid Al-Batawi menikah dengan Syekh Mujtaba asal Bukit Duri (Betawi) yang tak lain adalah muridnya sendiri. Dan satu putrinya lagi dinikahkan dengan Syekh Abdurrahman Al-Mishri, ulama asal Mesir. Pernikahan putri Syekh Junaid Al-Batawi dengan Syekh Abdurrahman Al-Mishri melahirkan seorang anak bernama Aminah yang kemudian dinikahkan dengan Aqil bin Yahya, lalu melahirkan putra bernama Utsman bin Yahya. Dalam salah satu keterangan dijelaskan bahwa Utsman bin Yahya adalah pengarang Kitab Sifat 20 Kitab Sifat 20 yang tetap populer hingga saat ini.
Perjalanan Mencari Ilmu
Syekh Junaid Al-Batawi belajar agama pertama kali kepada kedua orangtuanya. Lalu, belajar kepada ulama-ulama di sekitar Betawi. Setelah itu, ia menunaikan ibadah haji sembari menuntut ilmu di Makkah bersama teman-teman sejawatnya yang tinggal di kampung al-Jawi, seperti Syekh Arsyad Al-Banjari dan Syekh Mahmud Kinan Al-Palimbani. Di sana, mereka berguru kepada Syekh Abdus Shomad bin Abdurrahman Al-Palimbani dan Syekh Ahmad Zaini Dahlan.
Selama belajar di Makkah, Syekh Junaid Al-Batawi terkenal sebagai orang yang cerdas dan memiliki semangat yang tinggi dalam menimba ilmu. Ia mempunyai kualitas keilmuan yang dapat dipertanggungjawabkan. Dari itu, ia diamanahi menjadi pengajar sekaligus imam di Masjidil Haram, yang mana, untuk mendapat posisi tersebut harus melewati uji seleksi dari segi keilmuan dan kepribadian.
Murid-murid Syekh Junaid Al-Batawi