Sedangkan, hifzh al-din oleh Kiai Ali Yafie diletakkan pada urutan kelima. Ini bukan berarti bahwa menjaga agama tidak lebih penting daripada menjaga empat hal penting di atasnya. Ia lebih pada pemahaman bahwa agama adalah dasar dari empat hal di atasnya. Artinya, menjaga agama adalah menjaga bagaimana agar manusia secara utuh terlindungi, tidak ada perampasan harta, dan kebebasan berpikir tidak terhalangi. Adalah tidak disebut beragama jika tidak bisa melindungi sesama, harta milik, mengekang kebebasan nalar dan akal.
Tidak disebut beragama pula jika kemudian gagal melindungi lingkungan. Oh, ya, bagi beliau, menjaga lingkungan merupakan tujuan agama pula. Sekarang tidak lagi cukup al-Kuliyatul al-Khams, tapi harus ditambah satu, yakni hifzh al-biah (menjaga lingkungan) sehingga menjadi al-kulliyatus sittah sebagai tujuan beragama.
Gagasan ini beliau sampaikan pada pidato penobatan beliau sebagai profesor. Pidato ini kemudian dibukukan dengan judul Merintis Fikih Lingkungan Hidup (2006). Di mata beliau, air, tanah, dan udara sudah mengancam kehidupan manusia. Dengan tingkat populasi yang meningkat serta kemajuan teknologi yang sangat cepat, keselamatan alam berada di ujung tanduk. Jika alam hancur, manusia jelas akan hancur. Jika agama untuk manusia, maka alam saat sekarang penting dilestarikan sebab di sanalah manusia berada.
Kehancuran alam dilakukan manusia karena kesalahan memahami pesan agama. Fikih lingkungan hidup yang digagas Kiai Ali Yafie mengeksplorasi beragam nash dan data agar umat Islam paham bahwa berinteraksi dengan alam memiliki aturan sebagaimana orang salat dan berdagang. Jika aturan itu dilanggar, maka akan melahirkan kerusakan. Sebab itu, merusak alam jelas terlarang dan haram.