Meskipun masih mempertahankan sistem salaf, di bawah kepemimpinan KH Fuad Affandi, pesantren ini mulai mengenalkan sistem pendidikan modern dan pendidikan nonagama. Perubahan pun dimulai dari lingkungan terdekat dan potensi di sekitarnya. Kiai Fuad melihat, lingkungan di sekitar pesantren berada memiliki potensi besar untuk dikembangkan sebagai lahan agroindustri. Sementara, masyarakat setempat mayoritas masih terkungkung oleh kemiskinan. Kondisi inilah yang mendorong Kiai Fuad untuk memasukkan pendidikan Teknik dan keterampilan pertanian di pesantrennya.
Maka, sejak itu, di Pondok Pesantren Al Ittifaq tak hanya diajarkan ilmu-ilmu agama, namun juga pengetahuan umum, terutama di bidang pertanian. Sistem Pendidikan modern pun mulai dikembangkan. Maka, di pesantren ini kemudian berdiri lembaga pendidikan formal berbasis keagamaan, seperti Raudlatul Athfal (RA) Alif, Madrasah Ibtidaiyyah (MI) Alif, Madrasah Tsanawiyyah (MTs) Alif, dan Madrasah Aliyyah (MA) Alif. Pendidikan formal tersebut dimulai sejak 2003, dan jumlah santri pun berkembang pesat hingga menjadi lebih dari 1000 santri. Mereka datang dari berbagai daerah, seperti dari Jawa Tengah, Jawa Timur, Sumatra, Kalimantan, dan Bali.
Berfokus pada pengembangan tanaman sayur-mayur, Kiai Fuad menyebut apa yang dilakukan pesantrennya sebagai “tarekat sayuriyah”. Sesuai dengan potensi daerah, para santri memang diajarkan berwirausaha berbasis agroindustri sayur mayur. Dengan “tarekat sayuriyah” ini, santri pun dibagi ke dalam dua kelompok, yaitu santri yang berbayar dan yang gratisan. Nah, santri yang tidak membayar inilah yang diikutkan bekerja ke dalam program agroindustri. Hasil dari sektor pertanian ini kemudian untuk membiaya pendidikan pesantren.
Saat ini, Pondok Pesantren Al Ittifaq mengolah lahan seluas 14 hektare yang ditanami 25 macam sayur mayur. Di samping memproduksi sayur-mayur dari lahan sendiri, pesantren ini juga melibatkan para petani di sekitar pondok untuk memproduksi sayur-mayur, dan semua produknya dipasarkan oleh pesantren.