Al Kennaniyah tergolong pondok pesantren yang masih muda. Karena itu, ia sudah menerapkan sistem pendidikan modern sejak mula. Namun begitu, pesantren ini tetap melestarikan tradisi pondok salaf dengan mengajarkan ngaji kitab kuning sistem bandongan atau sorogan. Jadilah, Al Kennaniyah pondok modern yang juga masih mempraktikkan sistem salaf.
Menariknya, Al Kennaniyah dikenal sebagai pondok pesantren khusus santri putrid yang berada di Ibu Kota Jakarta. Terletak di Kelurahan Kayu Putih, Kecamatan Pulo Gadung, Jakarta Timur, berdirinya pondok ini dirintis oleh beberapa ulama dan tokoh agama yang memiliki kepedulian pada pendidikan dan pembangunan karakter generasi muda.
Cerita bermuka ketika pada 27 Juni 1977 para ulama dan tokoh masyarakat Kampung Pulonangka, Jakarta Timur, berkumpul dan bermusyawarah. Mereka yang bermusyawarah di antaranya KH Moh Noer, Habib Abdullah Assagaf, H Ilyas, H Mugeni, H Moh Yasin, H Husin, Sabilillah, dan beberapa orang lainnya. Karena prihatin anak-anak muda yang mengalami kesulitan untuk belajar, mereka akhirnya bersepakat untuk mendirikan lembaga pendidikan keislaman. Lembaga ini semula diharapkan akan dapat menghidupkan kembali pengajian masjlis taklim.
Lalu juga didirikanlah sebuah Madrasah Ibtidaiyah (MI). MI tersebut kemudian diberi nama Al-Khairaat. Sambutan masyarakat sekitar luar biasa. Madrasah dan majlis taklim sama-sama jalan. Empat tahun kemudian, tepatnya pada 27 Juni 1981, mulai dibuka lagi Madrasah Tsanawiyah (setingkat SMP). Di saat yang sama juga dibuka TK Tunas Cahaya.
Setelah penyelenggaraan pendidikannya berkembang cukup signifikan, pada 26 Juli 1984 baru dibentuk yayasan yang akan menaunginya. Yayasannya bernama Yayasan Al-Kenaniyah. Nama ini diambil dari nama Haji Kenan, seorang ulama dan tokoh masyarakat Betawi.
Pada tahun-tahun awal perkembangannya, bangunan kompleks lembaga pendidikan ini hanya gedung dua lantai yang terdiri dari 6 ruang kelas, ruang kantor TK dan MI, musala, asrama guru, ruang belajar bagi santri pesantren, dan masjid. Sepuluh tahun kemudian, pada 1994 fasilitas bertambah. Ada ruang kelas, pondok santri, dan pondok guru/pengelola pesantren. Pada 1994 inilah, keberadaan pesantren berlokasi di Jalan Perintis Kemerdekaan Pulo Nangka Barat, Kelurahan Kayu Putih, Kecamatan Pulo Gadung, Jakarta Timur, ini baru diresmikan. Peresmiannya dihadiri para ulama dan tokoh nasional, di antaranya KH Abdurrahman Wahid (Gus Dur), KH Syamsuri Badawi, dan KH Zayadi Muhajir serta beberapa tokoh masyarakat di sekitar Pulomas. Pesantren ini dipimpin oleh KH Hambali Ilyas.