Setelah mengelana di pesantren-pesantren daerah pesisir utara Jawa, Kiai DJauhari akhirnya mondok ke Tebuireng Jombang untuk berguru kepada Hadratus Syaikh KH Hasyim Asyari. Setelah beberapa lama di Tebuireng, Kiai Djauhari pindah ke Probolinggo, mengembangkan madrasah dengan dibantu oleh K Nawawi, Pajarakan, hingga berkembang pesat. Setelah kurang lebih dua tahun berada di sana, Kiai DJauhari memanggil adiknya KH Atho’illah untuk meneruskan perjuangannya di Probolinggo. Sementara itu, Kiai Djauhari melanjutkan pengelanaan ke Tanah Suci. Di Tanah Suci yang saat itu berkecamuk perang Wahhabi, Kiai Djauhari berguru kepada ulama-ulama Mekkah saat itu, seperti Syaikh Masduqi, Syeikh Hamdan, Syeikh Amin Kutby, dan lain-lain.
Perjuangan di Kencong
Setelah pulang dari Tanah Suci, pada 1942, Kiai Dajuhari mulai menetap di Kencong, Jember. Mula-mula ia membantu mengajar ngaji di musala waqaf Kiai Sholohin, sembari membuka pengajian kitab sendiri di kediamannya. Karena yang mengaji semakin banyak, 2-3 tahun kemudian didirikanlah bangunan pondok yang sederhana, terbuat dari bambu. Pondok-pondok ini untuk menampung santri yang mengaji.
Namun, pada 1946, pondok yang baru dirintis Kiai Djauhari tersebut diserbu dan diobrak-abrik tantara gabungan Belanda dari Probolinggo, Banyuwangi, Jember, Situbondo, dan Bondowoso. Tentara gabungan yang bersenjata lengkap tersebut mengadakan serangan umum dari berbagai penjuru, menumpas para gerilyawan Kencong. Rupanya, pondok Kiai Djauhari dijadikan basis pertahanan tentara Hizbullah. Kiai Jauhari yang termasuk target utama buronan Belanda harus berpindah-pindah tempat. Mengungsi.
Setelah suasana kondusif, Kiai Djauhari Zawawi kembali dari pengungsiannya, membangun kembali pesantrennya yang tinggal puing-puing. Ia dibantu santri-santri dari Banyuwangi, Magelang, Cilacap, dan lain-lainnya yang berminat belajar kepada kiai yang ahli (alim) dalam bidang fiqih dan tasawuf ini. Akhirnya, Pondok Pesantren As-Sunniyyah kembali berdiri.