Dari awal, melalui pesantren yang didirikannya, Kiai Djauhari berniat untuk menegakkan syariat Islam yang berhaluan Ahlus Sunnah wal Jamaah, mencetak kader-kader muslim yang bertakwa serta berguna bagi nusa, bangsa, dan agama.
Dalam mendidik santri, Kiai Djauhari berpegang teguh pada ajaran Imam Al-Ghozali dalam bidang tasawuf. Sementara itu, sistem pendidikan dan pengajaran yang ditempuh di pesantren ini adalah tradisional dan madrosi. Madrasah yang ada meliputi Ibtidaiyah, Tsanawiyah, dan Aliyah (Dasar, Menengah Pertama, dan Menengah Atas). Dari ketiga tingkatan pendidikan tersebut, kitab tetap digunakan sesuai dengan tingkat kemampuan santri.
Untuk bidang fiqih, kitab yang dipelajari di antaranya Fathul Mu’in, Tahrir, dan Fathul Wahab. Untuk bidang akhlak/tasawuf, kitab yang dipelajari di antaranya Washoya, Ta’limul Muta’alim, dan Minhajul Abidin. Di bidang bahasa (Nahwu, Shorof dan Balaghoh), kitab yang dipelajari di antarnya Sabrawi, Jurumiyah, Imriti, AMtsilatut Tasrifiyah, Syarah Maksud, Alfiyah, dan Jawahirul Maknun. Sementara itu, di bidang hadits, kitab yang dipelajari di antaranya Arba’in Nawawi, Bulughul Marom, dan Abi Jamroh.
Jumlah santri dari tahun ke tahun terus berkembang. Pada tahun 1993-1994 tercatat 1900 santri, terdiri dari putra 700 orang dan putri 1200 orang. Mereka berasal dari berbagai daerah, seperti Jember, Banyuwangi, Kudus, Tasikmalaya, Lampung, Probolinggo, Rembang, Banyumas, Lumajang, dan Bali.
Kini pondok pesantren berdiri di atas tanah seluas 2,5 ha. Dengan status tanah wakaf dan milik. Sarana dan prasarana belajar juga semakin berkembang, antara lain empat gedung madrasah, dengan jumlah 32 ruang. Pesantren ini juga dilengkapi asrama santri, laboratorium computer, area Internet dan hotspot, perpustakaan multimedia, poliklinik, pusat MCK, RSI, dan koperasi.
Santri di sini juga mendapatkan penugasan unik, berupa pengabdian di daerah-daerah yang ditentukan pesantren. Misalnya, ada santri yang ditugaskan memberikan pengajian ke Bali, Lumajang, Bondowoso, Jakarta, Depok, atau bahkan di desa-desa tetangga terdekat. Biasanya, lama waktu penugasan satu tahun, bisa diperpanjang dan diperpendek dengan pertimbangan tertentu.