Berawal dari pengajian keliling, Pondok Pesantren Asrarur Rafiah berkembang menjadi pesantren putri yang cukup disegani di Cirebon, Jawa Barat. Asrarur Rafiah kemudian dikenal sebagai pondok yang banyak menelurkan santri putri yang menguasai kitab kuning.
Semua bermula dari kegigihan Nyai Khomisah yang memelopori pengajian keliling untuk kaum hawa. Pada awal 1960-an, Nyai yang berasal dari Linggapura, Tegal, itu rajin keliling blusukan ke desa-desa di daerah Cirebon untuk menggelar pengajian. Materi pengajiannya adalah Aqoid 50, yang memuat mengenai pokok-pokok agama.
Suatu hari, sampailah pengajian Nyai Khomisah ini di Desa Babakan, Kecamatan Ciwaringin, Cirebon. Di Desa Babakan ini, salah satu orang yang mengukuti pengajiannya adalah Nyai Rofi’ah, istri dari Kiai Asrar. Setelah itu, secara khusus Nyai Rofi’ah berguru kepada Nyai Khomisah perihal Aqoid 50 ini.