Sedangkan, dalam kancah nasional, pencapaiannya ditegaskan dengan pengukuhannya sebagai guru besar. Aspek yang digeluti Azra yakni berkonsentrasi pada ilmu sejarah. Makanya, tidak jarang juga ia disebut sebagai ilmuan sejarah Islam. Kajian-kajian yang dihasilkan diarahkan pada Islam Nusantara hingga kajian Islam Asia Tenggara.
Meskipun namanya telah melambung tinggi di kancah nasional bahkan global tidak lantas menjadikan Azra tergoda pada politik praktis. Azra berani menjaga jarak dan tetap kekeh dengan jalan independennya sebagai sebagai ilmuwan tulen, ilmuwan merdeka, akademisi sejati yang tetap menulis, mengkritisi, meneliti, mendidik, mengabdi pada agama dan bangsa.
Azra bukanlah sosok yang apolitis, ia juga sangat vokal terhadap berbagai sendi kehidupan misalnya soal pendidikan nasional, politik, hingga masalah keberagaman. Jika melihat kejanggalan di salah satu sektor yang tidak sehat, maka ia akan mengkritisi secara tajam. Sikapnya fair sekaligus transparan, kalau bagus, maka akan mengatakan bagus, dan jikalau terdapat kebijakan keliru, maka akan kritik konstruktif.
Dan sikap daya kritis yang baru-baru ini ia tulis dalam dewanpers.or.id (11/9/22) berupa indeks demokrasi Indonesia yang mengalami kemunduran. Hal ini ditandai dengan penegakan hukum yang tidak mencerminkan keadilan menjadi sebuah fakta. Contohnya, banyak narapidana korupsi yang memperoleh diskon hukuman besar-besaran.
Kegemaran dalam menulisnya lambat laun kemudian melahirkan berbagai karya tulis baik dalam buku, artikel jurnal, esai, dan lain-lain. Judul buku yang diterbitkan antara lain: Jaringan Ulama Timur Tengah dan Kepulauan Nusantara Abad XVII dan XVIII, Renasains Islam Asia Tenggara: Sejarah Wacana & Kekuasaan, Islam Nusantara: Jaringan Global dan Lokal, Surau: Pendidikan Islam Tradisional dalam Transisi dan Modernisasi, Pendidikan Islam: Tradisi dan Modernisasi di Tengah Tantangan Milenium III, dan masih banyak lagi.
Hal yang menarik dan patut menjadi teladan bagi kita bahwa tradisi yang dilakukan Azra setiap tahun yang meluncurkan buku. Ketika di usia 65 tahun kemarin, ia meluncurkan 8 buku. Hal yang membuat salut banyak orang, ia masih terus menulis untuk surat kabar nasional. Sungguh sangat produktif di tengah usia yang sudah senja.