Dalam dua tahap seleksi, santri akan mendapat beberapa materi ujian. Pada seleksi tahap pertama, santri akan mendapat Test Potensi Akademik (TPA), tes bahasa, dan tes kepesantren dan kebangsaan. Sedang pada seleksi tahap kedua, santri akan dites kemampuannya dalam membaca dan memahami kitab-kitab kuning dan tes hafalan Al-Quran. Jika lolos tes, santri yang bersangkutan bisa masuk di salah satu dari 21 perguruan tinggi dengan berbagai pilihan program studi.
Ke-21 perguruan tinggi dimaksud adalah Universitas Islam Negeri (UIN) Syarif Hidayatullah Jakarta, UIN Alauddin Makassar, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang, UIN Sunan Ampel Surabaya, UIN Sunan Gunung Djati Bandung, UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, UIN Walisongo Semarang, UIN Sumatera Utara Medan, Institut Pertanian Bogor (IPB), Institut Teknologi Surabaya (ITS Surabaya), Universitas Gajah Masa (UGM) Yogyakarta, Unisma Malang, UPI Bandung, Universitas Indonesia (UI Jakarta), Universitas Negeri Jakarta (UNJ), Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia (Unusia) Jakarta, Unwahas Semarang, Universitas Islam Nusantara (Uninus) Bandung, Universitas Islam Makassar (UIM) Makassar, Unram Mataram, dan Institut Agama Islam Bunga Bangsa Cirebon.
