Pada tahap pertama, jika data pesantren sesuai NSP sudah ditemukan, maka operator hanya perlu memilih nama-nama santri yang akan didaftarkan. Nama santri termuat dalam daftar santri yang selama ini dilakukan pemutakhiran data oleh operator pesantren. Selanjutnya santri akan mendapatkan nomor registrasi.
Tahap kedua, santri yang akan mengikuti tes bisa login ke aplikasi dengan menggunakan nomor registrasi yang diterima, lalu melengkapi form isian serta dokumen yang diminta. Misalnya, biodata lengkap santri, dokumen dan informasi pribadi dan keluarga, rapot hingga sertifikat prestasi santri. Data dan dokumen santri ini yang kemudian akan diseleksi secara otomatis oleh sistem aplikasi pendaftaran.
Santri yang telah didaftarkan akan mendapatkan akun santri. Lalu, santri melengkapi form isian dan dokumen sesuai ketentuan di dalam aplikasi pendaftaran PBSB online. Seluruh dokumen dikonversi dalam format Portable Document Format atau PDF. Seluruh berkas pengajuan nantinya akan diverifikasi oleh panitia di Kanwil Kementerian Agama Provinsi. Santri yang lolos seleksi selanjutnya akan diumumkan dan dibuatkan Kartu Peserta Seleksi PBSB.