Ngaji online di pondok ini diikuti semua santri dari rumah masing-masing. Ngaji dipimpin langsung oleh para masyayikh. Dari rumah, santri menyimak kajian kitab yang dibawakan masyayikh. Pengajian itu bisa diikuti para santri secara daring melalui media sosial YouTube, Instagram, maupun Facebook.
Di Pondok Pesantren Mambaul Ma’arif ini, pengajian online digelar pada sore hari menjelang buka puasa dengan kajian kitab kuning Arbain Nawawi. Khusus ngaji kitab ini diisi langsung oleh Ahmad Athoillah atau Gus Ayik.
