Muhammad Abduh sangat menekankan pemikirannya dalam bidang pendidikan, yaitu Abduh mengikutsertakan orang-orang kaya dalam kegiatan pendidikan. Dia memperingatkan kepada orang-orang kaya kepada kemelaratan yang menimpa umat Islam akibat kebodohan. Oleh karena itu, untuk menghilangkan penderitaan itu adalah merupakan keharusan untuk meningkatkan ilmu di kalangan mereka. Dia menganjurkan kepada orang-orang kaya untuk membuka madrasah-madrasah dan ruang-ruang sekolah untuk meratakan pendidikan dan menguatkan pemikiran, membangkitkan jiwa kebenaran dan pembaharuan, membersihkan jiwa dan memperkuat kesadaran tentang mana yang manfaat dan mana yang bahaya.
Perbaikan yang diadakannya dalam bidang administrasi adalah penentuan honorarium yang layak bagi ulama Al-Azhar, sehingga mereka tidak tergantung pada usaha masing-masing atau pemberian dari mahasiswa mereka. Asrama mahasiswa dia perbaiki dengan memasukkan air mengalir ke dalamnya. Beasiswa mahasiswa juga dinaikkan jumlahnya. Bahkan, untuk keperluan administrasi, ia mendirikan gedung tersendiri dan untuk membantu rektor, ia angkat pegawai-pegawai yang sebelumnya memang tidak ada. Sebelum perubahan itu, rektor memimpin Al-Azhar dari rumahnya, sehingga tempat tinggalnya itu selalu dikerumuni baik oleh ulama maupun oleh mahasiswa.
Perpustakaan Al Azhar yang di masa-masa sebelumnya tidak dipelihara, mendapatkan perhatian penuh dari Muhammad Abduh. Sebagai seorang ulama yang suka meneliti, ia mengerti betul pentingnya perpustakaan bagi suatu perguruan tinggi. Buku-buku Al-Azhar, yang bertebaran diberbagai tempat penyimpanan, dia kumpulkan dalam satu tempat perpustakaan yang teratur. Sungguhpun ia banyak memperhatikan soal administrasi, ia tidak lupa soal pengajaran. Ia sendiri juga turut memberi kuliah di Al-Azhar dalam mata pelajaran teologi Islam, logika, retorika, dan tafsir.
Akhirnya, dengan perbaikan-perbaikan serta pembaharuan yang dibawanya ke dalam tubuh Al-Azhar, ia mengharap universitas ini menjadi pusat pembaharuan yang diingininya untuk dunia Islam. Tetapi usahanya kandas karena mendapat tantangan dari ulama-ulama yang kuat berpegang pada tradisi lama dan kuat mempertahankannya.
Ironisnya, Abduh dituduh kafir dan tidak percaya kepada kemahaesaan Tuhan, sehingga ada orang khusus datang menghadiri pelajaran yang diberikannya di Al-Azhar untuk melihat betulkah dia mengucapkan pendapat-pendapat yang membawa kepada kekufuran. Setelah itu, bagi mereka tuduhan itu tidak benar dan akhirnya mereka menjadi pengikutnya. Bahkan, yang menjadi musuhnya, adalah golongan ulama fikih yang bersikap keras dan golongan awam yang mereka pengaruhi. Ia dituduh seorang Wahabi yang sesat agamanya. Tantangan mereka kepadanya bertambah keras setelah Khedewi Abbas pada akhirnya tidak merestui usaha-usaha pembaharuan itu.