Jawaban untuk pertanyaan seperti itu harus dimulai dari penggambaran sejarah penyebaran Islam di Nusantara agar kita memperoleh gambaran yang historis, bukan a-historis. Sebelum agama-agama besar dunia datang ke Indonesia, masyarakat Nusantara sudah ribuan tahun hidup dengan tradisi, kepercayaan, dan agamanya sendiri. Tapi, toh, masyarakat Nusantara tak pernah menolak kehadiran tradisi, kepercayaan, dan agama baru. Semuanya diserap dengan caranya sendiri melalui proses harmonisasi dengan tradisi, kepercayaan, dan agama yang telah menjadi jalan hidup selama ribuan tahun itu.
Karena itu, tak ada preseden konflik dan perang agama atau perang antaragama di wilayah Nusantara. Begitulah agama-gama besar dunia seperti Hindu, Buddha, Kristen, dan Islam masuk ke wilayah Nusantara —semua diterima dan diserap melalui proses harmonisasi itu; “jalan hidup” baru dengan “jalan hidup” lama berjalan beriringan secara harmonis.
Contoh bagaimana proses diterimanya Islam sebagai agama baru oleh masyarakat Nusantara bisa dilihat dari keberhasilan para ulama Wali Songo mengislamkan Jawa. Mungkin saja, berdasarkan data-data arkeologis, Islam sudah masuk ke wilayah Nusantara pada masa yang paling dini, pada abad ke-8 atau ke-9 Masehi. Namun, hingga saat itu Islam masih terbilang sebagai agama “privat”. Ada orang-orang di Kepulauan Nusantara ini yang sudah memeluk Islam pada masa sedini itu, namun sifatnya masih “individual”. Islam belum bisa berkembang dengan baik karena belum menjadi sebuah gerakan sosial-institusional.
Para ulama Wali Songo, yang menurut perkiraan hidup mulai abad ke-14 atau ke-15 Masehi, melihat mandeknya penyebaran Islam di Nusantara ini. Melihat masyarakat Nusantara, terutama di Jawa yang sudah ajek dengan tradisi dan budayanya selama ribuan tahun, maka para ulama Wali Songo mengubah cara dakwahnya. Kali ini menggunakan pendekatan budaya. Tradisi dan budaya itu kemudian dipinjam atau diambil kemudian diisi dengan nilai-nilai Islam. Sejak itulah, Islam berproses menjadi agama “publik”, menjadi gerakan sosial-institusional hingga muncul kerajaan-kerajaan Islam di Nusantara dan Islam pun berkembang menjadi agama mayoritas.
Proses kristenisasi Jawa juga mirip-mirip dengan pengislaman Jawa. Dibawa oleh para misionaris yang membonceng kolonialisme di Nusantara, agama Kristen nyaris gagal disyiarkan sampai dengan munculnya Kiai Sadrach. Kiai Sadrach yang lahir pada 1835 dan meninggal di Purworejo pada 14 November 1924 dikenal sebagai penginjil yang sukses di Jawa setelah menerapkan strategi yang digunakan Wali Songo —karena itu ia berjuluk “kiai” dan dianggap sesat oleh sebagian penginjil Eropa. Dari sini kelak muncul sinisme “Islam Abangan” dan “Kristen Abangan”.
Metode dakwah dan penanaman nilai-nilai ajaran Islam yang diambil para ulama Wali Songo itu kemudian terlembagakan dalam apa yang hingga kini kita kenal dengan nama pondok pesantren, lembaga pendidikan keagamaan yang nyaris tak ada padanannya di negara mana pun. Sejak abad di mana para ulama Wali Songo menyebarkan ajaran Islam, pondok pesantren mulai muncul di berbagai pelosok Nusantara dengan pertumbuhan dan perkembangan semakin masif. Apa yang dilahirkan oleh pondok-pondok pesantren itulah yang kemudian muncul ke permukaan sebagai wajah Islam di Nusantara.
Proses ini pula yang kemudian mendorong lahirnya NU pada 1926, satu organisasi atau jamiyah yang diinisiasi oleh tokoh-tokoh pondok pesantren, yang tak lain adalah para “pewaris” jalan dakwah Wali Songo.