“Berdarah biru”. Putra dari seorang kiai besar di Banyuwangi. Noer Muhammad Iskandar muda justru merantau ke Jakarta, tak hendak meneruskan estafet kepemimpinan pondok pesantren yang dirintis ayahnya. Namun, di perantauan, ia justru berhasil mengembangkan pesantren sendiri, Pondok Pesantren Asshiddiqiyah, salah satu yang terbesar di Jakarta.
Sang ayah, Kiai Iskandar atau Mbah Kandar, merupakan salah satu mata rantai pengembangan pesantren di Jawa Timur, khususnya daerah Banyuwangi, seperti yang pernah ditulis oleh duniasantri.co. Lahir sebagai seorang anak kiai pada 5 Juli 1955, Noer Iskandar dibesarkan di lingkungan pesantren ayahnya, Pondok Pesantren Mambaul Ulum Sumber Beras, Banyuwangi, Jawa Timur.
Setelah lulus madrasah ibtidaiyah, pada ia melanjutkan nyantri ke Pondok Pesantren Lirboyo Kediri. Saat itu, Pondok Lirboyo diasuh KH Makhrus Aly. Pada 1974, Noer Iskandar masuk Perguruan Tinggi Ilmu Al-Qur’an (PTIQ) Jakarta untuk mendalami ilmu al-Quran.