Dalam penuturannya, sistem madrasah dan pengajaran agama yang diberikan dengan sistem sekolah termasuk wewenang Kementerian Agama. Tujuan utama dari kebijakan Kementerian Agama ini adalah untuk menghapuskan perbedaan antara sistem sekolah dengan madrasah. Kementerian Agama tidak begitu ikut campur dalam sistem pesantren dan beberapa bentuk pengajian al-Quran. Ia hanya menawarkan bentuk pembaharuan dan mengambil alih sistem madrasah. Hal ini di satu pihak memberikan wewenang untuk memasukkan sebanyak mungkin pengajaran agama dalam sistem sekolah. Sedangkan, di pihak lain berarti memberikan perhatian kepada materi umum dalam sistem madrasah.
Madrasah dan pesantren yang pada hakikatnya adalah suatu wadah pendidikan dan pencerdasan rakyat jelata yang sudah berurat berakar dalam masyarakat Indonesia pada umumnya hendaklah pula mendapatkan perhatian dan bantuan yang nyata dengan berupa tuntunan dan bantuan materiil dari pemerintah. Karena lembaga pendidikan ini memberikan pendidikan agama maka ia dimasukkan dalam Kementerian Agama. Dalam pada itu, Kementerian Agama menganjurkan supaya pesantren yang tradisional dikembangkan menjadi sebuah madrasah disusun secara klasikal dengan memakai kurikulum yang tetap dan memasukkan mata pelajaran umum di samping agama.
Madrasah dianggap sebagai sumbangan kepada bangsa baik menurut tuntutan zaman modern maupun menurut Islam meskipun ada kesan bahwa mata pelajaran umum belum diajarkan secara optimal. Oleh karenanya, madrasah menjadi media utama dalam menanamkan akhlak yang baik untuk anak-anak bangsa Indonesia ke depannya. Wallahu A’lam.