Oleh sebab itu, konteks pembahasan pesantren tidak melulu pada bagaimana sistem pendidikan terimplementasi dengan sistemik. Tetapi, ada ciri khas tertentu yang tidak bisa dilepaskan dari sebuah pesantren di mana pun. Yaitu, pengajian klasik/tradisional. KH Abdurrahman Wahid dalam Buku Tradisi Orang-orang Pesantren menjelaskan bahwa ciri utama dari pengajian tradisional di pesantren adalah sistem pengajarannya ditekankan pada penangkapan harfiah atas sebuah kitab tertentu. Pendekatan yang digunakan adalah dengan pembacaan kitab secara komprehensif dan dilanjutkan dengan pembacaan kitab lain yang berbeda sebagai penunjang wawasan. Dengan demikian, pemberian pengajaran dengan model pengajian tradisional bersifat nonklasikal, yaitu tidak didasarkan pada unit mata pelajaran meskipun menggunakan metode klasikal.
Lebih lanjut, pola pengajaran, sistem pendidikan, dan kurikulum pesantren didukung dengan hadirnya lembaga formal (baca: madrasah) di internal pesantren dinilai sebagai langkah solutif yang ditempuh oleh kiai maupun pemangku kepentingan. Kondisi ini bertujuan supaya output santri mampu berdiri sejajar dengan sekolah formal lainnya tanpa harus menghilangkan kurikulum pesantren yang sudah berlaku bertahun-tahun lamanya. Oleh karenanya, tidak heran jika beberapa pesantren mendirikan madrasah di samping menyelenggarakan pengajian klasikal agar nilai-nilai egaliter pesantren tetap tidak hilang dengan hadirnya sekolah unggulan atau sekolah umum selama ini.
Dalam perjalanannya, eksistensi madrasah di pesantren mendapat respons positif para akademisi tanah air. Misalnya, Ridlwan Nasir dalam buku Mencari Format Pendidikan Ideal; Pondok Pesantren di Tengah Arus Perubahan mengurai bahwa madrasah adalah lembaga pendidikan yang berada di bawah naungan Kementerian Agama. Yang termasuk ke dalam kategori madrasah ini adalah lembaga pendidikan ibtidaiyah, tsanawiyah, aliyah, mu’allimin, mu’allimat, serta diniyah. Istilah madrasah di tanah Arab ditujukan untuk semua sekolah secara umum, namun di Indonesia ditujukan untuk sekolah Islam yang mata pelajaran dasarnya adalah mata pelajaran agama Islam. Lahirnya lembaga ini merupakan kelanjutan sistem dunia pesantren yang di dalamnya terdapat unsur-unsur pokok dari pendidikan pesantren. Unsur tersebut adalah kiai, santri, pondok, masjid, dan pengajaran mata pelajaran agama Islam
Oleh karenanya, Karel A Steenbrink, orang Belanda yang intens mengkaji pesantren, mengatakan bahwa lembaga agama itu memang berkembang ke arah yang mirip dengan sekolah. Namun, ia berada karena lebih menekankan pada ajaran agama. Sistem pengajaran al-Quran dan kitab yang sudah memakai sistem kelas ini di Indonesia pada umumnya disebut madrasah baik yang ditambah pelajaran umum maupun yang seratus persen agama.