“Gus, saya tidak punya pengalaman di bidang pertahanan,” demikian Mahfud MD beralasan kepada Gus Dur dan agar diberi amanah yang lainnya. Tetapi Gus Dur bergeming. Beliau tetap dengan keputusan bahwa Mahfud MD yang berasal dari Madura ini sebagai Menteri Pertahanan.
“Aku tidak berpengalaman dalam kepresidenan juga menjadi presiden,” demikian Gus Dur memberikan argumentasi yang tidak dapat disanggah oleh Mahfud.
Akhirnya pengumuman terkait dengan kementrian pun dilaksanakan. Dan benar saja, Mahfud MD didapuk sebagai Menteri Pertahanan. Hal ini sekaligus memicu polemik dan kegaduhan di antara para elite politik. Dari Megawati sebagai Wakil Presiden hingga Amin Rais sebagai Ketua MPR saat itu, tidak setuju dengan keputusan Gus Dur mengangkat Mahfud MD sebagai Menteri Pertahanan.
Atas gonjang-ganjing yang sedemikian buruk, hingga Gus Dur dihina dan dilecehkan karena Menteri Pertanahan, akhirnya Mahfud ingin mengundurkan diri saja. Meski banyak teman-teman Mahfud yang tidak setuju, akan tetapi tekat Mahfud untuk mengundurkan diri dari Menteri Pertahanan sudah bulat. Namun, belum lagi surat pengunduran diri dibuat, tiba-tiba Gus Dur menelepon Mahfud agar tidak mengundurkan diri.
“Fud, jagan mengundurkan diri. Bekerja dulu beberapa bulan ke depan. Maka masyarakat akan tahu kerja hebat kamu,” demikian kira-kira yang diucapkan Gus Dur saat menelepon Mahfud MD. Di sinilah kewalian Gus Dur itu kembali muncul dan terbaca. Padahal menurut mantan Ketua Mahkamah Konstitusi ini tidak ada yang memberitahukan kepada Gus Dur bahwa ia akan mengundurkan diri. Tetapi Gus Dur sudah mengetahui duluan terhadap apa yang akan Mahfud lakukan.
“Kewalian Gus Dur begitu nampak dalam kasus ini,” demikian Mahfud MD menjelaskan dalam suatu kesempatan.