Di Indonesia pendidikan tinggi berbasis Islam mendapat perhatian yang cukup mengagumkan baik dari sisi pemerintahan maupun masyarakat luas. Jumlah Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (PTKIN) di Indonesia mencapai 58, belum termasuk yang swasta. Minat yang tinggi ini juga memacu institusi pendidikan tinggi Islam untuk terus berkembang sesuai dengan kebutuhan zaman. Berbagai upaya dilakukan untuk memperdalam riset keilmuan pendidikan tinggi Islam. Tidak hanya di Indonesia dan Timur Tengah saja, bahkan hingga ke Eropa.
Semakin berkembangnya pendidikan tinggi Islam di Indonesia ini mendorong terbuknyaa dengan pemikiran-pemikiran yang lebih progresif, modern, bahkan cenderung semi-liberal. Di bidang tafsir, misalnya, kini perguruan tinggi Islam banyak berkiblat kepada tokoh-tokoh seperti Nasr Hamid Abu Zayd, Syahrur, Mohammad Arkhoun, dan sebagainya yang mengusung pendekatan hermeneutika dalam proses penafsiran.
Di bidang filsafat, kini perguruan tinggi Islam banyak yang merujuk pada tokoh-tokoh seperti Mohammad Abduh, Musthafa Abdul Raziq, Muhammad Abid Al-Jabiri, dan sebagainya. Bahkan di bidang linguistik, perguruan tinggi Islam lebih sering dan lebih merasa keren ketika mengkaji pemikiran Ferdinand D’Saussure, Leonard Bloomfield, Noam Chomsky, dan sebagainya.
Perkembangan dan keterbukaan kajian Islam terhadap referensi-referensi baru tentunya merupakan keniscayaan yang tidak mungkin bisa dibendung. Sifatnya natural dan relevan untuk dijadikan alternatif rujukan dan menambah wawasan. Namun, ada beberapa dampak buruk yang timbul akibat proses perkembangan ini. Yakni, tergerusnya kajian-kajian terhadap turats atau teks-teks Islam klasik. Perguruan tinggi kini sudah melompat, bahkan cenderung memotong sanad keilmuan Islam yang sumber utamanya berasal dari turats. Ada missing link dalam kajian Islam kontemporer saat ini.
Sudah jarang sekali kita dengar kajian-kajian tafsir versi Az-Zamkhasyari, Al-Qurthuby, At-Thabary, dan sebagainya. Begitupula dengan kajian-kajian filsafat Ibnu Rusyd dan Ibnu Aroby. Nasib yang sama menimpa kajian-kajian linguistik Arab versi Khalil bin Ahmad, Sibawaih, Ibnu Jinni, Al-Jurjani, dan sebagainya.
Opini yang sangat dalam, penuh makna, dan meluaskan hati kaum santri. Santri harus yakin ilmu yang kalian pelajari itu dari sumber utama.