Seiring perkembangan tingkat pedidikan di Indonesia semakin kompleks, untuk mengikuti perkembangan pendidikan formal tersebut, pada 1962 dibangun Madrasah Aliyah Putra Putri. Sesuai Surat Keputuasan Menteri Agama RI Nomor 24 tahun 1969, MTS Mambaul Maarif dan MA Mambaul Maarif yang sebelumnya berstatus swasta menjadi MTsN Denanyar dan MAN Denanyar.
Tetapi, sebagai upaya untuk terus meningkatkan pengembangan pendidikan masa kini dan masa depan, maka didirikanlah Madrasah Tsanawiyah Mambaul Maarif pada 1993. Kemudian Madrasah Aliyah Mambaul Maarif pada 2000. Semua madrasah di Pesantren Mambaul Maarif menggunakan sistem terpadu yang mengacu pada kurikulum Kementerian Agama dan kurikulum pesantren.

Pada 1999 mulai dibuka juga sekolah kejuruan dengan nama SMK Bisri Syansuri. Lalu pada 2004, semua lembaga pendidikan formal Pesantren Mambaul Maarif menggunakan sistem kurikulum terpadu yang mengacu pada kurikulum Kementerian Agama dan kurikulum pesantren. Kurikulum terpadu tersebut memadukan bidang ilmu keagamaan, bahasa Arab, bahasa Inggris, dan mata pelajaran lain yang dipelajari pada sekolah umum.
Selain itu, Yayasan Mambaul Maarif juga mendirikan institusi penunjang sebagai peletak tata nilai Islam dalam mengembangkan dan mengaplikasikan ilmu pengetahuan, di antaranya Taman Pendidikan al-Quran (TPQ), Madrasah Diniyah, serta Lembaga Bahasa Arab dan Inggris (LBAI).
Kini, pesantren ini memiliki posisi strategis karena berada di tengah-tengah perkampungan sekaligus dekat dengan jalan raya provinsi. Pondok Pesantren Mambaul Maarif juga dekat dengan perguruan tinggi yang ada di Kota Jombang. Letaknya yang strategis ini menjadikan pesantren ini mudah dijangkau dari arah mana pun. Pesantren ini juga dijadikan sebagai tempat menimba ilmu tambahan bagi sebagian santri yang melanjutkan ke jenjang perguruan tinggi. Saat ini, jumlah santri mencapai dua ribu santri. Ini membuat Pondok Pesantren Mambaul Maarif berada di peringkat keempat pesantren terbesar di Kabupaten Jombang setelah Pondok Pesantren Tebuireng, Pesantren Darul Ulum Rejoso, Pesantren Bahrul Ulum Tambakberas.

Pantas dan pantastis…