Lalu pada tahun 1990 M, KH Maktum Djauhari kembali ke kampung halaman setelah menyelesaikan pendidikan magisternya di Mesir. Beliau ikut berperan aktif bersama kedua kakaknya dalam mengembangkan Al-Amien, termasuk di dalamnya TMI.
Pada awal berdirinya, TMI dan TMal merupakan lembaga terpisah. Hanya saja, pada tahun 1994, TMI dan TMal digabung dalam satu Idaroh dan KH Muhammad Idris Djauhari menjadi Mudir Ma’hadnya.
Dalam hal ijazah, TMI telah memperoleh muadalah (pengakuan) sejak 1982. Muadalah itu diperoleh dari Jami’ah Islamiyah Madinah dan Jami’ah Malik Abdul Aziz. Lalu berturut-turut pada tahun 1998 dan 2000, ijazah TMI mendapat pengakuan setara dan sederajat dengan ijazah Madrasah ‘Aliyah Negeri dari Departemen Agama RI, dan pengakuan setara dan sederajat dengan ijazah Sekolah Menengah Umum Negeri dari Departemen Pendidikan Nasional RI. Selain itu, ijazah TMI juga memperoleh muadalah dari International Islamic University (1988), Jami’ah Al-Azhar, Cairo (1997), dan Universitas Az-Zaytun (2005).
Tahun 2007, KH Muhammad Tidjani Djauhari wafat, setelahnya tahun 2013, KH Muhammad Idris Djauhari wafat. Tiga tahun kemudian, KH Maktum menyusul kedua kakaknya berpulang. Sepeninggal beliau, kepengasuhan TMI Al-Amien Prenduan berada di bawah tanggung jawab KH Moh Zainullah Rois, yang merupakan alumni perdana TMI sendiri. Awal tahun 2021, kiai yang kerap dijuluki “Balaghah Berjalan” itu mengembuskan napas terakhir.