Karena itu, sistem pembelajaran di lingkungan Pondok Pesantren Al-Aqobah mengadopsi sistem dari lembaga-lembaga pendidikan modern, yaitu pembelajatan yang menyenangkan atau enjoy full learning.
Misalnya, tak ada pakaian seragam di sekolah-sekolah di lingkungan pesantren ini. Dengan tak adanya kewajiban mengenakan seragam, diharapkan terbentuk sikap agar para santri tidak lagi takut dengan peraturan. Bahkan, pihak pondok banyak memangkas berbagai regulasi yang biasa diterapkan di sekolah-sekolah pada umumnya. Misalnya, furasi mengaji dibatasi maksimal hanya 45 menit dan tidak lagi menggunakan sistem madrasah diniyah.
Selain enjoy full learning, proses pembelajaran juga dilengkapi dengan berbagai fasilitas modern. Santri difasilitasi jaringan wi-fi, diutamakan penggunaan laptop dan perangkat elektronik lainnya. Proses pembelajaran sedapat mungkin memanfaatkan perangkat teknologi digital. Dengan begitu, ketika masa pandemi Covid-19, Al-Aqobah menjadi salah satu pesantren yang paling siap dengan pembelajaran jarak jauh (PJJ).