Namun lembaga yang diinisiasi Nyai Khairiyah ini, alih-alih ditolak oleh pemerintah Arab, mulai bermunculan madrasah-madrasah lain seiring berjalannya waktu. Misalnya, Madrasah Banat di Saudi Arabiyah, Madrasah Ibtidaiyah di Kampung Syamsiyah, dan masih banyak lainnya.
Setelah Kiai Muhaimin (suami keduanya) wafat pada 1956, Nyai Khairiyah kembali ke tanah kelahirnya atas dasar inisiasi Soekarno saat berkunjung ke Mekkah, dikarenakan kemampuan beliau sangat di butuhkan. Maka, Madrasah Lil Banat dilanjutkan oleh gurunya; Syekh Yasin Al-Fadani. Sisitem pembelajarannya pun mulai berkembang. Dari tradisional ke semi formal, yakni pembelajaran agama Islam yang berlandaskan Ahlussunnah Waljamaah, sains, teknologi, dan ilmu-ilmu sosial lain.
Sekembalinya dari Mekkah, Nyai Khairiyah kembali menjadi pengasuh Pondok Pesantren Seblak. Di bawah kepemimpinannya, pesantren ini mengalami kemajuang cukup pesat. Ia juga membuka lembaga pendidikan untuk santri putri. Pun, sistem pengajarnnya ditambah. Yang awalnya menggunakan sistem non-klasikal/tradisional (sorogan dan bandongan), kini dilengkapi sistem pengajaran klasikal (pelajaran kelas pada umumnya) guna memperoleh ilmu pengetahuan. Kebetulan, pesantren lain pada saat itu tidak menerima sistem pengajaran klasikal.
Juga, Nyai Khairiyah mendirikan sebuah perpustakaan untuk para santri guna memberantas buta huruf. Dan ini menjadi perpustakaan pertama di lingkungan pesantren. Menurut Nyai Khairiyah, membaca adalah sesuatu hal yang sangat urgen. Selain memperoleh ilmu pengetahuan untuk memenuhi kewajiban umat Islam dalam menuntut ilmu, cum sebagai pijakan awal mencapai kehidupan yang lebih baik, terutama bagi kaum perempuan. Di perpustakaan ini Nyai Khairiyah mengajar membaca huruf latin untuk para santri dan masyarakat umum, terutama kalangan perempuan.
Yang menarik, sebagai ulama pejuang hak-hak perempuan untuk memperoleh pendidikan, ia menolak mengajarkan kitab Uqud Al-Lujain karya Syekh Nawawi Banten. Sudah jamak diketahui bersama bahwa isi dari kitab ini membahas perihal hubungan suami-istri dan hak kewajiban perempuan, yang menurut Nyai Khairiyah, mengandung relasi yang diskriminatif dan sarat dengan pandangan yang kerap memosisikan perempuan lebih rendah dari kaum laki-laki. Konon, Nyai Khairiyah berharap seharusnya ada juga kitab semacam ini yang ditulis oleh perempuan.
Demikian, kiprah Nyai Khairiyah dalam memperjuangkan hak-hak kaum perempuan. Meskipun lahir dari lingkungan pesantren, ghirah Nyai Khairiyah dalam memperjuangkan hak-hak perempuan untuk memperoleh pendidikan tak pernah putus. Baginya, hanya dengan pendidikan seorang perempuan akan memiliki pengetahuan dan keterampilan yang dapat berguna bagi dirinya, keluarga, masyarakat, bangsa, dan negara. Namun, ulama yang kontribusinya begitu besar terhadap bangsa dan negara ini, terutama bagi kaum perempuan, telah lama meninggalkan kita di RSUD Jombang, tepatnya pada hari Sabtu 2 Juli 1983 (21 Ramadhan 1404 H). Wallahu A’lam.