Ketiga, hukuman diberikan kepada santri yang melanggar kode etik dan peraturan pesantren. Pesantrenku mewajibkan santri-santrinya memakai dua bahasa, Bahasa Arab dan Bahasa Inggris. Satu minggu Bahasa Arab, satu minggu Bahasa Inggris, begitu terus bergiliran. Bila ketahuan santri berbahasa Jawa, Indonesia, Madura atau bahasa daerahnya masing-masing, karena memang santri di pesantren dari berbagai daerah, akan dikenai sanksi; berdiri di lapangan menghapalkan kosa kata, bila minggu Bahasa Arab maka kosakata Bahasa Arab, begitu sebaliknya. Semua bidang atau departemen memiliki pengurus masing-masing.
Keempat, pembiasaan dilakukan untuk melatih santri menjalankan kegiatan-kegiatan yang sudah ditetapkan. Tujuan utamanya supaya santri ringan melakukan hal-hal baik, terbiasa menjalankan perilaku baik, istiqamah menjalankan ibadah. Ada sholat tahajud, sholat dhuha, sholat maktubah dengan berjamaah, mengaji, dan lainnya. Hampir seluruhnya dilakukan santri, dan pengurus mengawasi demi berjalannya kegiatan itu. Pembiasaan ini diberlakukan dengan harapan kelak santri ketika pulang tetap melakukan hal-hal baik itu.
Kehidupannya khusus, pembelajarannya pun khusus. Pesantren memiliki sistem pembelajaran yang berbeda dengan sistem pembelajaran yang ada di sekolah formal. Di antara pembelajaran yang akrab di telinga santri adalah bandongan dan sorogan. Bahkan tak jarang memadukan konsep formal dan nonformal.
Bandongan yang merupakan sistem pembelajaran yang bersifat bersama dan diikuti banyak santri, pun bersifat umum. Mekanismenya; seorang kiai, gus, atau ustaz mengaji, istilah pesantrennya mbalang kitab tertentu dari disiplin ilmu tertentu. Para santri mendengarkan dan memaknai kitab yang dipegang.