Dikutip dari buku Tionghoa dalam Pusaran Politik (2003) yang ditulis Benny G Setiono, jejak orang Tionghoa dalam penyebaran Islam baru terungkap pada 1928. Peristiwa itu bermula ketika tulisan-tulisan Tionghoa yang tersimpan di Kelenteng Sam Po Kong dirampas Residen Poortman. Kala itu, Residen Poortman merampas tiga gerobak berbagai catatan berbahasa Tionghoa yang menceritakan peran orang Tionghoa dalam menyebarkan agama Islam. Tidak hanya itu, tulisan-tulisan tersebut juga menyingkap rahasia akan peran orang-orang Tionghoa dalam membentuk kerajaan-kerajaan Islam di Jawa. Salah satunya Kerajaan Islam Demak, yang kelak menjadi cikal bakal Kerajaan Mataram.
Dalam bukunya, Benny juga menuliskan bahwa beberapa tokoh Walisongo juga mempunyai darah Tionghoa. Di antaranya adalah Sunan Ngampel yang bernama asli Bong Swi Hoo alias Raden Rachmat. Bong Swi Hoo disebut berasal dari Yunnan dan cucu penguasa tertinggi di Campa, Bong Tak Keng. Diperkirakan, Bong Swi Hoo datang ke Jawa tanpa istri pada tahun 1447. Ia kemudian menikah dengan Ni Gede Manila, anak perempuan Gan Eng Cu, seorang kapten Tionghoa yang berkedudukan di Tuban. Bong Swi Hoo dan Ni Gede Manila kemudian mempunyai seorang anak bernama Bong Ang yang kelak dikenal sebagai Sunan Bonang. Sunan Ngampel dan Sunan Bonang juga mempunyai keterkaitan dengan Jin Bun. Saat itu, ada seorang kapten Tionghoa Gan Si Cang memohon kepada Bupati Semarang Kin San untuk ikut menyelesaikan pembangunan Masjid Agung Demak. Atas persetujuan Jin Bun, Gan Si Cang pun akhirnya menyelesaikan pembangunan Masjid Agung Demak dibantu para tukang kayu dari galangan kapal di Semarang yang dipimpinnya. Tak ada sekat dan prasangka ras saat itu.
Sayangnya, setelah masuknya Imperealisme, pembauran etnis Tionghoa dengan muslim Nusantara mulai terganggu. Sebab, saat itu pemerintah kolonial Belanda menerapkan kebijakan politik adu domba (devide et impera). Tujuannya untuk membonsai potensi kekuatan bersatunya Tionghoa dan muslim yang bisa menjadi ancaman terhadap kekuasaan kaum penjajah. Maka, melalui politik devide et impera, penduduk Indonesia dibagi menjadi tiga golongan, yakni Eropa, Timur Asing (Tionghoa, India, Arab), dan pribumi atau inlanders. Kebetulan, yang inlanders ini mayoritas muslim. Kebijakan inilah yang kemudian merenggangkan relasi antara muslim pribumi, Tionghoa, ataupun Tionghoa muslim. Tidak hanya itu, pada abad ke-18 Belanda mengeluarkan peraturan yang melarang etnis Tionghoa masuk Islam dan melarang kaum pribumi menikah dengan etnis Tionghoa. Peraturan inilah yang semakin menjauhkan kelompok etnis Tionghoa dengan masyarakat pribumi.