Sayangnya, setelah era kolonial berakhir dan Indonesia merdeka, gap antara etnis Tionghoa dengan muslim pribumi tetap ada. Trennya bisa naik turun berkorelasi dengan dinamika politik nasional. Menanggapi hal ini, dengan tujuan untuk mempersatukan muslim Tionghoa dan muslim Indonesia, muslim Tionghoa dan etnis Tionghoa, serta etnis Tionghoa dengan pribumi Indonesia, seorang tokoh etnis Tionghoa, H Isa Idris, memprakasai pembentukan Persatuan Islam Tionghoa Indonesia (PITI). Organisasi ini terbentuk pada Tanggal 14 April 1961 di Jakarta. Namun, pada 1972 atas desakan Kejaksaan Agung yang menilai bahawa Islam adalah agama universal, sehingga tidak ada istilah Islam Tionghoa atau Islam lainnya, maka PITI berubah menjadi Pembina Iman Tauhid Islam. PITI kembali menjadi Persatuan Islam Tionghoa Indonesia setelah ditetapkan dalam rapat pimpinan organisasi pada Mei 2000.
Sampai saat ini, tidak ada data resmi mengenai jumlah muslim Tionghoa di Indonesia. PITI, sebagai organisasi yang menaungi kaum muslim Tionghoa, juga tidak pernah mendata berapa tepatnya jumlah muslim Tionghoa di Indonesia. Hal ini dilakukan guna menghindari adanya pengkotak-kotakan di masyarakat.
Sayang, meskipun hubungan Islam dan Tionghoa memiliki sejarah panjang yang erat antara satu dan yang lain, isu SARA pun tetap selalu ada dan digunakan untuk kepentingan tertentu yang membahayakan kehidupan sosial masyarakat Indonesia. Padahal, sudah seharusnya sinofobia semacam ini dihilangkan. Karena, sentimen anti-Tionghoa boleh jadi tak hanya merugikan dari sisi toleransi antaretnis di Indonesia, tetapi juga dari segi hubungan antara Indonesia-China sebagai negara Mainland.