Pertempuran itu berawal saat Jepang memerintahkan masyarakat Indonesia melakukan Seikirei’, yaitu sikap membungkuk ke arah Tokyo di pagi hari sebagai penghormatan terhadap Kaisar Jepang (Tenno Haika) dan pengakuan bahwa Kaisar Jepang adalah keturunan “Dewa Matahari” (Ameterasu).
Tindakan tersebut menurut ajaran Islam seperti yang disampaikan KH Zainal Mustafa merupakan perilaku syirik. Karena itu, KH Zainal Mustafa begitu menolak dan memilih memerangi para penjajah Jepang tersebut, hingga akhirnya terjadilah pertempuran. Dalam pertempuran itu banyak santri yang meninggal, dan KH Zainal Mustafa ditangkap dan dijatuhi hukuman mati.
Pada saat itu memang sistem pendidikan yang diajarkan setiap pondok pesantren tidak hanya soal keagamaan dan hubungan manusia dengan Tuhan, melainkan juga menyentuh persoalan yang dialami masyarakat saat itu. Kondisi masyarakat yang terjajah membuat semangat para santri semakin meningkat untuk mengambil peran membantu masyarakat agar keluar dari kondisi terjajah menuju kondisi berdaulat atau merdeka. Oleh karenanya, berbagai upaya terus dilakukan agar terwujud kemerdekaan.
Lantas jika merdeka telah didapat, apakah semangat itu tetap bertahan? Ya, mereka, para santri itu terus menggelorakan semangat untuk mempertahankan kemerdekaan tanah air. Sebagaimana yang digambarkan pada peristiwa penyerangangan yang terhadap penjajah Inggris dan Belanda pada 10 November 1945 di Surabaya.