Namun demikian, KH Agoes Ali Masyhuri memastikan seluruh santri harus tetap menaati protokol kesehatan saat sudah berada di lingkungan pondok dan mengikuti semua kegiatan di pesantren.
Saat ini, pihak pengurus pondok melakukan berbagai persiapan guna menyambut kedatangan santri. Misalnya, lingkungan pesantren dibersihkan dan disemprot disinfektan sesuai protokol kesehatan. Berkordinasi dengan pihak-pihak terkait, pengurus pondok juga mulai mempersiapkan sarana dan prasarana yang diperlukan, termasuk serta menyiapkan sistem dan teknis pembelajarannya nanti.
