Pesantren Kampus Ainul Yaqin dipimpin oleh seorang Direktur Pesantren. Dalam menjalankan tugas mengelola pesantren, direktur dibantu oleh ketua dan sekretaris pesantren, juga beberapa staf yang merupakan karyawan Universitas Islam Malang. Secara lengkap, terdapat 6 bidang koordinator yang bersama-sama menopang secara penuh kegiatan pesantren. Keenam bidang tersebut yakni, bidang Kurikulum dan Pengajaran, Bidang Keorganisasian dan Kemahasiswaan, bidang TIK, Humas dan Alumni, bidang Kewirausahaan, bidan Sarana dan Prasarana, dan yang terakhir bidang Soft Skill.
Model Integrasi
Pesantren Kampus Ainul Yaqin hadir sebagai perwujudan komitmen Unisma dalam mengintegrasikan pendidikan tinggi modern dengan nilai-nilai kepesantrenan yang khas. Berdirinya pesantren ini sendiri dilatarbelakangi oleh kesadaran akan tanggung jawab ganda yang diemban Unisma sebagai kampus yang bercitrakan pendidikan islam.
Model integrasi pendidikan PKAY Unisma salah satunya tergambar pada tiga program pendidikan yang memiliki fungsi dan tujuan masing-masing.
Pertama, Program Kader Ulama, dengan perannya sebagai wadah pendalaman mahasiswa terhadap keilmuan agama yang berhaluan Aswaja an Nahdiyah. Mahasiswa tidak hanya belajar tentang ilmu modern di kampus, tetapi juga mendalami keilmuan klasik guna mempersiapkan diri sebagai penerus ulama di masa depan dengan pemahaman yang adaptif.
Kedua, Program Takhassush Tahfidzil Quran yang merupakan program pendalaman Al-Quran dengan penekanan pada penghafalan. Program ini membantu mahasiswa untuk mendalami dan menghafal Al-Qur’an sambil tetap menempuh pendidikan formal di Unisma. Model integrasi ini menjadi investasi bagi lahirnya sarjana yang memiliki kompetensi akademik sekaligus hafal Al-Quran.
Terakhir, Program Reguler (I’dad) yang diperuntukkan bagi mahasiswa tingkat dasar dengan durasi satu tahun. Program ini bertujuan membekali mahasiswa dengan pemahaman dasar-dasar Islam Aswaja an-Nahdiyah dan membiasakan mereka dengan amaliyah-amaliyahnya. Program ini menjadi fondasi penting bagi mahasiswa baru sebelum mendalami disiplin ilmu yang lebih spesifik.
Model integrasi pendidikan PKAY Unisma mencerminkan upaya harmonis dalam memadukan tradisi keilmuan pesantren dengan sistem pendidikan tinggi modern. Pendekatan ini mendorong mahasiswa untuk mengembangkan intelektualitas dalam bidang keilmuan modern sekaligus memperkuat spiritualitas dan pemahaman keagamaan. Hal ini sejalan dengan tantangan pendidikan Islam kontemporer yang membutuhkan lulusan yang tidak hanya ahli dalam sains dan teknologi, tetapi juga memiliki landasan nilai keislaman yang kokoh.
Impak terhadap Mahasiswa
Mahasiswa Pesantren Kampus Ainul Yaqin menunjukkan karakteristik yang unik dibandingkan mahasiswa pada umumnya. Mereka tidak hanya unggul dalam prestasi akademik, tetapi juga memiliki pemahaman keagamaan yang mendalam dan kemampuan mengintegrasikan perspektif Islam dalam disiplin ilmu di bidang mareka. Keseimbangan ini terlihat dari kemampuan mereka berargumentasi secara ilmiah sambil tetap menjunjung tinggi nilai-nilai keislaman.
Selain tiga program yang telah dijelaskan tadi, PKAY Unisma juga menyediakan berbagai kegiatan yang juga berperan aktif dalam membentuk karakter mahasiswa. Seperti kegiatan Bahtsul Masail. Bahtsul Masail merupakan kegiatan pemecahan masalah seputar fikih di era kontemporer yang dilakukan secara musyawarah dengan mengkaji referensi-referensi kitab klasik.
Di sini, mahasiswa dilibatkan secara langsung untuk memecahkan permasalahan keagamaan di era modern. Sehingga mahasiswa yang belajar di pesantren ini tidak semata mengkaji atau menghafal, melainkan dilatih secara langsung untuk mempersiapkan peran mereka sebagai generasi penerus ulama di masa depan.