Usaha adaptasi Wali Songo terhadap sistem pendidikan model dukuh dan asrama ini rupanya juga membawa dampak yang sangat signifikan untuk para santri dalam memahami ajaran Islam dan mengajarkan nilai-nilai sosio-kultural. Sehingga, dengan proses pembelajaran melalui model dukuh dan asrama, para santri tidak hanya dapat memahami ilmu agama saja, melainkan juga kompleksitas dalam bersosial dan berbudaya. Sehingga, para santri mempunyai pemahaman yang mumpuni jika sudah keluar atau menyelesaikan pembelajarannya di pesantren.
Terlepas dari itu semua, sebenarnya konsep pembelajaran Nusantara yang paling penting bukanlah pada hal fisiknya, melainkan peristiwa moral. Dan, ada satu titik temu yang membuat pondok pesantren masih relevan dengan pendidikan di Nusantara kala itu. Konsep moral dan tata krama dalam proses pendidikan adalah bahwasannya guru harus dimuliakan, sehingga yang patut untuk datang saat ingin menuntut ilmu adalah murid atau santri.
Pada zaman dahulu tidak ada les privat dengan guru datang ke rumah. Ada filter dari masyarakat bahwasanya jika ingin belajar suatu ilmu, maka harus datang ke orang tertentu. Guru yang mendapat pengakuan dari masyarakat bukanlah seseorang yang telah menamatkan studi hingga tinggi, melainkan seseorang yang memang dianggap “pantas” oleh masyarakat .