Pondok pesantren boleh melakukan kegiatan pembelajaran diniyah bukan karena tanpa alasan. Pemerintah mengizinkan karena pesantren adalah tempat karantina. Di pondok pesantren, para santri diisolasi di asrama. Mereka tidak boleh keluar dari lingkungan pondok. Untuk mencegah penularan Covid-19 di pondok pesantren diperlukan langkah yang kompleks. Bukan hanya memerlukan kesiapan pengasuh, pengurus pesantren dan santri tetapi juga guru madrasah, orang tua, satgas percepatan penangan Covid-19, masyarakat sekitar pesantren, pedagang, dan sebagainya.
Pengasuh pondok adalah pemengang peran utama dalam penentuan kebijakan pencegahan di pesantren. Penerbitan peraturan, petunjuk teknis, dan penyediaan sarana-prasana protokol pencegahan Covid-19 harus sudah ditentukan sebelum memutuskan santri kembali ke pesantren. Peraturan yang paling utama adalah warga pondok wajib mengisolasi diri di pesantren dan melaksankan protokol kesehatan pencegahan Covid-19. Peraturan dan petunjuk teknis pelaksanaan pembelajaran di pesantren memang perlu diterbitkan agar para warga pesantren bisa melaksanakan kegiatan yang sesuai protokol kesehatan. Sarana-prasana pencegahan juga perlu disediakan. Sarana prasana yang paling utama yaitu ruang isolasi bagi santri yang baru datang atau terindikasi terpapar Covid-19, cuci tangan/handsanitizer, dan masker.
Pesantren yang memiliki lebih dari seratus santri harus melibatkan peran pengurus. Hal tersebut perlu dilakukan karena pengurus yangg berperan dalam pengawasan pelaksanaan protokol kesehatan di pondok pesantren. Pesantren perlu menyeleksi petugas pengawasan dari kalangan santri yang berkarakter bertanggung jawab dan disiplin. Dengan melakukan hal tersebut maka akan mempermudah pelaksanaan peraturan dan petunjuk teknis protokol kesehatan. Tindakan pemberian sanksi kepada pelanggar protokol kesehatan juga perlu dilakukan agar semua warga disiplin.
Santri bisa menjadi garda terdepan pencegahan Covid-19 di pesantren. Hal ini karena mayoritas santri bermukim di pesantren. Karena itu, untuk pencegahan Covid-19, santri harus berkarakter disiplin dalam berperilaku sesuai dengan protokol pencegahan Covid-19. Pembentukan karakter tersebut itu akan maksimal jika santri memiliki kesadaran dan kebiasaan.
Bagi pesantren yang memiliki madrasah, perlu adanya kebijakan situasional khusus. Kebijakan tersebut adalah melaksanakan pembelajaran daring, luring, atau tatap muka. Jika dewan guru tidak bermukim di pesantren, madrasah berbasis pesantren yang di daerah merah dan oranye tentunya wajib melaksanakan pembelajaran daring atau luring. Madrasah bebasis pesantren di daerah hijau atau yang gurunya bermukim di pesantren bisa melaksanakan kegiatan belajar mengajar (KBM) di madrasahnya dengan tatap muka. Walaupun diperbolehkan dengan tatap muka, KBM tetap wajib mematuhi protokol kesehatan.