Ahmadi dalam buku Ideologi Pendidikan Islam; Paradigma Humanisme Teosentris (2005), membagi nilai-nilai pesantren menjadi dua bagian. Pertama, nilai-nilai yang memang banyak disebutkan secara eksplisit dalam Al-Quran dan Hadis. Di antarnya adalah ajaran akhlak yang meliputi akhlak dalam hubungannya dengan Allah, diri sendiri, sesama manusia, dan alam.
Kedua, nilai-nilai universal yang mana sesuai dengan fitrah manusia yang membutuhkan cinta kasih, mengaharap keadilan, demokrasi, HAM, dan juga kemanusiaan. Pendidikan pesantren di sini sangat dibutuhkan untuk merambah semua kalangan, melintasi ruang dan waktu, sehingga santri tidak hanya menjadi subjek yang bermanfaat untuk diri sendiri dan kalangannya, tetapi menjangkau masyarakat umum.
Dengan demikian, dalam proses pendidikan pesantren, santri diharapkan bisa menemukan jalan yang mampu menghidupkan kembali tujuan pendidikan agama sebagai rahmatan lil ‘alamin. Pendidikan agama untuk kebersamaan dan toleransi, mengawal moralitas umat manusia, serta menjadi spirit dalam menggali keilmuan sesuai dengan penkembangan dan tuntutan zaman.
Santri hadir dalam realitas sosial yang sudah bergeser ke ruang virtual, menjadi penyeimbang dan menawarkan kearifan dan membentengi hiruk-pikuk ketegangan akibat kurangnya sikap kritis atas berita yang hadir di media sosial.