Sebelum itu, puluhan ribu santri yang masih berada di berbagai daerah di Indonesia, diminta untuk melakukan isolasi mandiri di rumah masing-masing terhitung sejak 6 Juni 2020. Setelah masa isolasi mandiri ini, pada 20 Juni 2020 sebanyak 10 persen dari total santri sudah bisa mulai kembali ke pondok. Namun, pada tahap awal ini, santri yang boleh kembali ke pondok hanya yang berasal dari daerah eks-Karesidenan Kediri plus Jombang, Jawa Timur.
Perihal isolasi mandiri ini, tiap santri wajib bekerja sama dengan RT/RW setempat. Setelah masa isolasi mandiri selesai, santri harus membawa surat keterangan dari RT/RW yang menyatakan bahwa benar santri yang bersangkutan telah melakukan isolasi mandiri. Selain itu, juga harus membawa surat keterangan sehat dari dokter.
Saat kembali ke pondok, santri harus diantar sendiri oleh wali santri dan dilarang menggunakan kendaraan umum untuk memenuhi protokol kesehatan. Setibanya di pondok, semua protokol kesehatan wajib dilakukan santri, seperti memakai masker, membawa hand sanitizer, mencuci tangan dan berwudlu sesuai arahan dari Gugus Tugas Covid-19 dan tim kesehatan RSU Lirboyo Kediri.